Journal de la technologie microbienne et biochimique

Abstrait

Profil d'expression génétique du sang périphérique dans le cancer colorectal

Chi-Shuan Huang, Harn-Jing Terng, Yu-Chin Chou, Sui-Lung Su, Yu-Tien Chang, Chin-Yu Chen, Woan-Jen Lee, Chung-Tay Yao, Hsiu-Ling Chou, Chia-Yi Lee, Chien-An Sun, Ching-Huang Lai, Lu Pai, Chi-Wen Chang, Kang-Hwa Chen, Thomas Wetter, Yun-Wen Shih et Chi-Ming Chu

Contexte : Des marqueurs moléculaires optimaux pour la détection du cancer colorectal (CCR) dans un test sanguin ont été évalués. La technologie des microarrays a montré un grand potentiel dans la recherche sur le cancer colorectal. Les gènes significativement associés au cancer dans les études de microarrays ont été sélectionnés comme gènes candidats dans l'étude. La mise en commun d'ensembles de données de microarrays publics sur Internet peut surmonter la limitation du petit nombre d'échantillons dans les études précédentes. Objectif : L'utilisation d'ensembles de données de microarrays publics permet de vérifier les profils d'expression génétique du cancer colorectal. Méthodes : Une analyse de régression logistique a été réalisée et les rapports de cotes pour chaque gène ont été déterminés entre le CCR et les témoins. Les ensembles de données de microarray publics de GSE 4107, 4183, 8671, 9348, 10961, 13067, 13294, 13471, 14333, 15960, 17538 et 18105 comprenaient 519 cas d'adénocarcinome et 88 témoins de muqueuse normale, qui ont été utilisés pour vérifier les gènes candidats à partir de modèles logistiques et estimer sa généralité externe. Résultats : Un modèle à 7 gènes CPEB4, EIF2S3, MGC20553, MAS4A1, ANXA3, TNFAIP6 et IL2RB a été sélectionné par paires et a montré les meilleurs résultats dans l'analyse de régression logistique (HL p = 1,000, R2 = 0,951, AUC = 0,999, précision = 0,968, spécificité = 0,966 et sensibilité = 0,994). Conclusions : Un nouveau profil d'expression génique a été associé au CCR et peut potentiellement être appliqué aux tests de détection sanguins.