Journal of Pharmacogenomics & Pharmacoproteomics

Abstrait

Une approche PCR en temps réel à haut débit pour les études de pharmacogénomique

Toinette Hartshorne, Ferrier Le, Jordan Lang, Harrison Leong, Kathleen Hayashibara, Dominique Dewolf et Elliot Shelton

Les progrès de la médecine personnalisée ont conduit à une augmentation des études de pharmacogénomique qui impliquent de tester les individus pour les polymorphismes des enzymes du métabolisme des médicaments et des gènes transporteurs impliqués dans la réponse aux médicaments. En conséquence, il existe une demande croissante de technologies abordables et faciles à utiliser avec des flux de travail rapides de l'échantillon aux résultats qui peuvent s'adapter aux tests d'ensembles personnalisables de variantes de gènes cibles et d'un nombre variable d'échantillons. De plus, des outils d'analyse de données sont nécessaires pour faciliter la traduction des informations génétiques d'un individu en son contenu diploïde d'haplotypes d'allèles en étoile au niveau des gènes, qui peuvent être corrélés aux phénotypes des enzymes du métabolisme des médicaments. Nous décrivons ici le développement d'une solution complète de flux de travail d'expériences de pharmacogénomique pour répondre à ce besoin. Des données de haute qualité ont été générées à partir d'ADN d'écouvillon buccal purifiés exécutés avec le génotypage SNP TaqMan® et des tests du nombre de copies dans les formats OpenArray® et 384 puits, respectivement, sur le système QuantStudio™ 12K Flex. L'analyse des données a été réalisée à l'aide du logiciel TaqMan® Genotyper™ pour examiner les résultats des tests de génotypage SNP et du logiciel CopyCaller® pour examiner les résultats des tests du nombre de copies, suivie de la traduction de ces données génétiques pour des échantillons individuels en génotypes d'allèles étoiles à l'aide du logiciel AlleleTyper™ récemment développé. Les tests spécifiques de génotypage SNP et de nombre de copies TaqMan® pour les variantes génétiques utilisées peuvent être adaptés aux besoins d'une étude pharmacogénomique donnée. Ce flux de travail pharmacogénomique à faible coût et à haut débit peut être réalisé en une seule journée, de la préparation des échantillons à l'analyse des données.