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Abstrait
Un nouveau serveur Web pour l'identification rapide des micro-organismes
Olivier Croce, François Chevenet et Richard Christen
Les séquences de gènes de la petite sous-unité d'ARN ribosomique (SSU rRNA) sont aujourd'hui largement utilisées pour identifier les organismes microbiens. Cependant, les bases de données publiques comprennent aujourd'hui principalement des séquences de gènes d'ARNr résultant de la PCR et du clonage d'ADN isolés d'échantillons environnementaux. La plupart de ces séquences sont mal annotées et ne portent pas d'attributions taxonomiques appropriées. En conséquence, ce flot de séquences rend les identifications de routine souvent très fastidieuses.
Nous proposons un nouveau serveur web pour des identifications rapides et fiables d'isolats microbiens. Il permet de récupérer les séquences apparentées et leurs taxonomies, afin de procéder à des analyses phylogénétiques. Cet outil web est basé sur des bases de données spécifiques d'espèces cultivées pour les Bactéries, les Archées et les Protozoaires. De plus, diverses données facilitant la procédure d'identification peuvent être téléchargées. Le serveur comprend également un logiciel en ligne pour afficher automatiquement des arbres phylogénétiques annotés.