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Abstrait
Retour aux génomes microbiens à l’ère du métagénome
Éric Altermann
La métagénomique a connu une expansion significative dans les écosystèmes microbiens, la diversité phylogénétique et la complexité génétique. En quelques années seulement, la génomique microbienne a connu une croissance spectaculaire, passant du génome de 1,8 mégapaire de bases (Mbp) du premier organisme libre séquencé (Haemophilus influenzae Rd en 1995 [1]) aux programmes de (méta)génome générant désormais plus d'une paire de térabase de données de séquence chacun. Ces avancées ont été rendues possibles par des technologies de séquençage de plus en plus puissantes. Les méthodes d'électrophorèse sur gel fluorescent ont été remplacées par des systèmes à base capillaire, ce qui a permis une augmentation significative du niveau de débit et d'automatisation. Un changement radical est intervenu avec l'introduction du « séquençage par synthèse ». Cette technologie a été commercialisée sous le nom de « pyroséquençage », notamment par 454 Life Sciences. Bien qu'initialement, elle ne fournisse que des longueurs de lecture plus courtes de 100 à 200 nucléotides (nt), et qu'elle présente une qualité d'appel de base inférieure et des problèmes avec les segments homopolymériques de nucléotides, elle a également permis une amélioration de la capacité de séquençage (jusqu'à 400 Mbp par cycle) par rapport aux technologies de séquençage capillaire Sanger. Depuis lors, un certain nombre d'autres plates-formes de séquençage de nouvelle génération ont été commercialisées (telles qu'Illumina, SOLID, Ion Torrent), chacune augmentant la quantité d'informations de séquence obtenues par cycle (Illumina HiSeq2500 fournit actuellement jusqu'à 600 Gbp par cycle). Bien que le séquençage en temps réel de molécules individuelles (SMRT) en soit encore à ses balbutiements, il est probable qu'il soit la « prochaine grande nouveauté » et des prototypes (principalement de Pacific Biosciences) sont actuellement testés.