Journal de pathologie végétale et de microbiologie

Abstrait

Empreintes digitales AFLP pour l'identification des groupes infra-espèces de Rhizoctonia solani et Waitea circinata

Bimal S.Amaradasa, Dilip Lakshman et Keenan Amundsen

Les maladies des plaques causées par Thanatephorus cucumeris (Frank) Donk et Waitea circinata Warcup et Talbot (anamorphes : espèces de Rhizoctonia) constituent une menace sérieuse pour le succès de l'entretien de plusieurs espèces de gazon importantes. Il peut être difficile et trompeur de se fier aux symptômes sur le terrain pour identifier les agents responsables de Rhizoctonia. Les différentes espèces de Rhizoctonia et les groupes d'anastomose (AG) varient en sensibilité aux fongicides couramment utilisés et ils ont également des plages de température différentes propices à provoquer des maladies. Ainsi, l'identification correcte de l'agent pathogène responsable est importante pour prédire la progression de la maladie et prendre de futures décisions de gestion de la maladie. Le regroupement des espèces de Rhizoctonia par réactions d'anastomose est difficile et prend du temps. L'identification des isolats de Rhizoctonia par séquençage de la région de l'espaceur interne transcrit (ITS) peut être prohibitive en termes de coût. Certains isolats de Rhizoctonia sont difficiles à séquencer en raison du polymorphisme de la région ITS. Le polymorphisme de longueur de fragment amplifié (AFLP) est une méthode d'empreinte digitale fiable et rentable pour étudier la diversité génétique de nombreux organismes. Aucune analyse détaillée n'a été effectuée pour déterminer la pertinence de l'AFLP pour déduire le niveau infra-espèce des isolats de Rhizoctonia. L'objectif de la présente étude était de développer l'empreinte digitale AFLP pour identifier le niveau infra-espèce des isolats inconnus de R. solani Kühn et W. circinata. Soixante-dix-neuf isolats de R. solani (n = 55) et W. circinata (n = 24) caractérisés précédemment ont été analysés avec des marqueurs AFLP générés par quatre paires d'amorces. La méthode de groupe de paires non pondérées avec moyenne arithmétique (UPGMA) a correctement groupé les isolats de R. solani et W. circinata selon leur AG, leur sous-groupe AG ou leur variété W. circinata. L'analyse en composantes principales (PCA) a corroboré les clusters UPGMA. À notre connaissance, c'est la première fois que l'analyse AFLP est testée comme méthode pour déchiffrer l'AG, le sous-groupe AG ou la variété W.circinata sur une large gamme d'isolats de Rhizoctonia.