Journal de pathologie végétale et de microbiologie

Abstrait

Amplification, clonage et prédiction in silico du gène d'élicitine complet de Phytophthora capsici, l'agent causal de la maladie du pied du poivre noir

Vijesh Kumar IP, Reena N, Anandaraj M, Eapen SJ, Johnson GK et Vinitha KB

Les élicitines sont une famille de petites protéines sécrétées par Phytophthora, qui induisent la nécrose des feuilles chez les plantes infectées. Nous rapportons ici le clonage du gène de l'élicitine de P. capsici, un phytopathogène oomycète qui cause des dommages importants à une large gamme de plantes hôtes. La séquence de l'élicitine a été amplifiée à l'aide d'amorces conçues à partir des gènes d'élicitine connus d'autres organismes Phytophthora en fonction de leurs motifs conservés. La taille du produit amplifié par PCR de 256 pb de longueur et l'analyse BLAST du produit séquencé ont montré une correspondance parfaite avec les séquences d'alpha-élicitine de P. capsici. Par la suite, une tentative a été faite pour caractériser le gène complet de l'élicitine à partir des informations sur la séquence du génome de P. capsici, en interrogeant le produit amplifié par rapport au génome. Une recherche BLAST locale par rapport au génome complet a identifié la séquence codante entière. Une analyse de séquence supplémentaire a identifié la séquence du promoteur, le site de démarrage de la transcription, une séquence signal leader et un domaine d'élicitine central, avec 6 résidus de cystéine conservés. De plus, la structure tridimensionnelle de la capsicéine a été modélisée et l'affinité de liaison du stérol et de la capsicéine a été étudiée à l'aide de l'amarrage moléculaire. Le modèle développé a prédit une forte affinité de liaison pour Tyr 47.