Journal de pathologie végétale et de microbiologie

Abstrait

Application et évaluation de l'essai d'amplification isotherme à médiation par boucle pour la détection des contaminants fongiques aflatoxigènes des grains de riz au Kenya

Youmma Douksouna*, Allan Ole Kwallah, Andrew Nyerere, Steven Runo

Les champignons aflatoxigènes sont les champignons filamenteux les plus courants qui synthétisent les aflatoxines et représentent les principaux agents pathogènes fongiques des produits agricoles. Les aflatoxines restent une menace majeure pour la sécurité alimentaire mondiale, ces molécules pourraient être résistées dans les aliments pendant la transformation et peuvent en outre rester dans la chaîne alimentaire. Les aflatoxines sont cancérigènes, hépatotoxiques, mutagènes, tératogènes, peuvent inhiber de nombreux systèmes métaboliques et ont des propriétés immunosuppressives. Les études sur les souches aflatoxigènes peuvent aider à améliorer les stratégies de contrôle et à prévenir la contamination par les champignons aflatoxigènes et la production d'aflatoxines dans les aliments. Dans cette étude, l'isolement des espèces d'Aspergillus était basé sur des caractéristiques morphologiques, notamment le modèle de croissance du mycélium, la couleur et les propriétés des fructifications des champignons. La technique innovante d'amplification isotherme à médiation par boucle a été appliquée pour amplifier le gène de l'acide norsolorinique. L'amplification isotherme à médiation par boucle a été optimisée par la combinaison de la rapidité, de la simplicité et de la spécificité pour détecter l'ADN génomique cible dans les réactions. Les courbes d'amplification surveillées par le turbidimètre en temps réel Loopamp ont été analysées afin de distinguer les souches aflatoxigènes et non aflatoxigènes.

Dans l'ensemble, les résultats ont montré que la méthode d'amplification isotherme à médiation par boucle était efficace pour détecter les souches aflatoxigènes avec une spécificité élevée de 71,5 % et une sensibilité sous des concentrations d'ADN plus faibles. De plus, elle était plus rapide que la réaction en chaîne par polymérase classique. Le test d'amplification isotherme à médiation par boucle décrit dans cette étude pourrait être un outil prometteur pour prédire les menaces potentielles posées par les champignons aflatoxigènes et le risque d'aflatoxines dans les aliments et les produits de base.