Journal of Pharmacogenomics & Pharmacoproteomics

Abstrait

Au-delà des IC50 : vers des méthodes statistiques robustes pour les études d'association in vitro

Andrew Beam et Alison Motsinger-Reif

Les tests de cytotoxicité sur lignée cellulaire sont devenus des approches de plus en plus populaires pour les études génétiques et génomiques de la réponse cytotoxique différentielle. Il existe un nombre croissant d'exemples de réussite, mais relativement peu d'évaluations des approches statistiques utilisées dans de telles études. Dans la grande majorité de ces études, la réponse concentration est résumée à l'aide d'approches d'ajustement de courbe, puis des mesures récapitulatives sont utilisées comme phénotype dans les études d'association génétique ultérieures. La courbe est généralement résumée par un seul paramètre tel que le point d'inflexion de la courbe (par exemple, la CE/CI50). Une telle modélisation repose sur des hypothèses majeures et comporte des limites statistiques qui doivent être prises en compte. Dans la présente revue, nous discutons des limites de la CE/CI50 en tant que phénotype dans les études d'association et soulignons certaines limites potentielles avec une expérience de simulation. Enfin, nous discutons de certaines approches d'analyse alternatives qui se sont avérées plus robustes.