Journal of Pharmacogenomics & Pharmacoproteomics

Abstrait

Au-delà des SNP et des CNV : la pharmacogénomique des répétitions en tandem polymorphes

Evgeny Krynetskiy

Les répétitions polymorphes courtes en tandem (STR) sont apparues comme une classe distincte de mutation génétique qui, avec les polymorphismes mononucléotidiques (SNP) et les variations du nombre de copies (CNV), peut expliquer la variabilité de la réponse à la pharmacothérapie. Les STR suscitent l'intérêt de la recherche en pharmacogénomique en raison de leur prévalence dans le génome humain et de leur rôle fonctionnel présumé en tant que régulateurs de l'expression génétique. Selon l'algorithme de recherche, il existe environ 700 000 à 1 000 000 de loci STR avec des motifs longs de 2 à 6 pb dans le génome humain de référence. Les STR sont distribués de manière non aléatoire dans les régions non traduites (UTR), les séquences codantes pour les protéines et les introns, et sont surreprésentés dans les régions promotrices des gènes humains. Le rôle fonctionnel des STR a été démontré par des effets sur l'expression génétique, l'épissage, la séquence protéique et l'association avec des effets pathogènes. Une propriété intrinsèque des STR est le taux élevé de mutation par expansion ou contraction du nombre d'unités répétées. La variation de la longueur du STR joue un rôle important dans la modulation de l'expression des gènes, et le STR est susceptible d'être un élément régulateur général qui atténue l'expression de plusieurs gènes. L'élucidation des effets du STR sur l'expression des gènes peut en partie expliquer la variabilité de la réponse aux médicaments, ce qui ne peut être réalisé en concentrant l'analyse exclusivement sur les SNP ou la CNV. Cette revue résume le rôle du STR polymorphe dans les manifestations cliniques, y compris la réponse à la pharmacothérapie.