Journal of Pharmacogenomics & Pharmacoproteomics

Abstrait

Approche bioinformatique pour profiler le microbiome oral et intestinal dans la colite

Sammed N Mandape

Les progrès de la bioinformatique et des technologies de séquençage à haut débit ont considérablement augmenté notre capacité à explorer le microbiome humain. L'ARN ribosomique 16S (ARNr) est séquencé pour comprendre la composition taxonomique du microbiome humain. Dans cette étude, l'analyse bioinformatique des données séquencées de l'ARNr 16S provenant d'échantillons de côlon malades (colite de Crohn (CC) ou colite ulcéreuse (RCH)) et sains adjacents a été réalisée à l'aide de Quantitative Insights Into Microbial Ecology (QIIME). De plus, compte tenu des informations spécifiques à la race pour ces échantillons, une comparaison des différences de microbiome du côlon entre les Afro-Américains et les Caucasiens a été réalisée. En conséquence, deux cent huit espèces bactériennes différentes ont été caractérisées. Cependant, seules cinquante-trois bactéries ont été décrites au niveau de l'espèce. La fraction de bactéries non nuisibles dans les échantillons de CC et de RCH malades était différente de celle des échantillons de côlon sain adjacents. De plus, le microbiome des échantillons malades était dominé par des bactéries buccales appartenant aux phyla firmicutes (streptocoque, staphylocoque, peptostreptocoque) et aux fusobactéries (fusobactérie). Les résultats ont également montré des différences dans le microbiome entre les Afro-Américains et les Caucasiens, ce qui indique que les recherches pourraient se concentrer sur les disparités en matière de santé.