Journal de pathologie végétale et de microbiologie

Abstrait

Caractérisation des rhizobactéries associées à la tomate récupérées dans divers sites de culture de la tomate en Tunisie

Nada Ouhaibi-Ben Abdeljalil, Jessica Vallance, Jonathan Gerbore, Emilie Bruez, Guilherme Martins, Patrice Rey et Mejda Daami- Remadi

Dans la présente étude, un total de 200 isolats rhizobactériens ont été obtenus à partir de la rhizosphère de plants de tomates sains cultivés dans des champs ayant des antécédents de maladies graves transmises par le sol et principalement de pourriture du collet et des racines. Après avoir examiné leur capacité à supprimer la croissance in vitro de Sclerotinia sclerotiorum et de Rhizoctonia solani, 69 et 57 isolats sur les 200 testés se sont révélés capables d'inhiber de manière significative la croissance mycélienne des agents pathogènes cibles de 11 à 62 % par rapport au témoin. Les 25 isolats les plus efficaces, conduisant à une suppression des deux champignons de plus de 45 % par rapport au témoin, ont été sélectionnés et soumis à des caractérisations morphologiques, biochimiques, moléculaires et métaboliques. Cette collection de rhizobactéries associées à la tomate présentait une grande diversité morphologique et biochimique. Le séquençage des gènes 16S rRNA et rpoB a conduit à l'identification de quatre genres, à savoir Bacillus, Chryseobacterium, Enterobacter et Klebsiella. Français Les espèces les plus fréquentes étaient B. amyloliquefaciens, B. thuringiensis, B. megaterium, B. subtilis, E. cloacae, C. jejuense et K. pneumoniae. En recherchant leurs propriétés de promotion de la croissance des plantes, 20 isolats se sont révélés capables de produire du sidérophore, 18 avaient du phosphate solubilisé et 19 étaient capables de synthétiser de l'acide indole-3-acétique (IAA). L'amplification par PCR des gènes de biosynthèse des lipopeptides a révélé la présence de gènes codant pour la biosynthèse de la fengycine A et de la bacillomycine D dans 18 et 16 isolats, respectivement. La caractérisation métabolique réalisée à l'aide de Biolog™ Ecoplates a indiqué que les rhizobactéries associées à la tomate présentaient une grande activité métabolique et qu'elles étaient capables d'utiliser une large gamme de sources de carbone avec l'augmentation de la durée d'incubation. En fonction de leurs profils métaboliques, ces isolats rhizobactériens ont été regroupés en huit groupes principaux générés aux différents temps d'échantillonnage (24, 48 et 120 h d'incubation). Les valeurs moyennes de développement de la couleur des puits (AWCD) se sont avérées positivement corrélées à l'indice de diversité de Shannon.