Journal of Carcinogenesis & Mutagenesis

Abstrait

Caractérisation de l'activité d'un activateur pathogène à une résolution de cellule unique pour étudier le mécanisme des troubles de malformation des membres grâce à une nouvelle approche d'apprentissage profond

Raghav Sriram

L'amplificateur de la séquence régulatrice de la zone d'activité polarisante (ZPA) (ZRS), une séquence régulatrice présente dans de nombreux organismes, joue un rôle important dans le développement embryonnaire précoce des membres. La ZRS contrôle l'expression du gène Sonic Hedgehog ( Shh ) et donc le développement précoce des membres dans un organisme, car il a été démontré que Shh contrôle la largeur du bourgeon du membre en stimulant la prolifération des cellules mésenchymateuses en raison de sa capacité à réguler la longueur antéro-postérieure de la crête ectodermique apicale. Plusieurs facteurs de transcription, agissant comme répresseurs ou activateurs du gène Shh , coordonnent ce processus de développement des membres en tandem avec l'amplificateur ZRS. Bien que l'importance de l'activité normale de la ZRS soit évidente, cette étude examine plus en détail les effets des changements pathogènes sur l'amplificateur ZRS et le développement de troubles des membres associés tels que la polydactylie préaxiale (PPD) en se concentrant sur plusieurs aspects de la régulation de la ZRS et sa relation avec l'expression de Shh . Cela a été accompli en caractérisant l'expression de Shh et mCherry , un gène de luminescence introduit et régulé par ZRS, à travers des cellules monocellulaires séquencées par ARN provenant d'un bourgeon de membre en développement d'un embryon de souris. De plus, cette étude a caractérisé des facteurs de transcription spécifiques comme répresseurs ou activateurs potentiels de ZRS en déterminant l'enrichissement ou l'épuisement des TF dans les cellules Shh et mCherry hautement expressives . La classification de ces TF est essentielle pour identifier les éléments régulateurs qui contrôlent la formation de troubles de malformation des membres tels que la polydactylie préaxiale et aident au développement de futures interventions thérapeutiques.