Journal de pathologie végétale et de microbiologie

Abstrait

Test d'amplification isotherme à médiation par boucle de transcription inverse par immunocapture colorimétrique pour la détection rapide du virus Y de la pomme de terre

Mohammad Amin Almasi et Seyedmohammad Hosseyni Dehabadi

L'amplification isotherme à médiation par boucle (LAMP) est une nouvelle technique d'amplification de l'ADN à température constante, avec une spécificité, une sensibilité, une rapidité et une efficacité élevées. Pour réduire au minimum le temps nécessaire à certains tests de diagnostic, notamment la PCR à transcription inverse (RT-PCR), l'amplification isotherme à médiation par boucle de transcription inverse (RT-LAMP) et également le DAS-ELISA, un protocole colorimétrique innovant IC-RT-LAMP et IC-RT-PCR basé sur le génome du virus Y de la pomme de terre (PVY) a été utilisé et optimisé. Tout d'abord, un test DAS-ELISA a été réalisé pour détecter le virus dans une collection contenant 95 échantillons suspects. Enfin, cinq échantillons ont été détectés comme étant les échantillons positifs. Ensuite, les échantillons positifs ont été vérifiés par des méthodes moléculaires. Français À cet égard, les quatre amorces RT-LAMP (à savoir F3, B3, FIP et BIP) ainsi que les amorces RT-PCR (F et B) ont été sélectionnées sur la base du gène de la protéine de capside (CP) du génome PVY. Même si les tests DAS-ELISA, RT-PCR et RT-LAMP pouvaient détecter avec succès des échantillons de plantes infectées positives, compte tenu du temps, de la sécurité, de la sensibilité, du coût et de la simplicité, le dernier était globalement supérieur. De plus, les résultats ont démontré que le test RT-LAMP était 100 fois plus sensible et 3 fois plus rapide que le RT-PCR. Le test LAMP a été réalisé dans le bain-marie soit sans machine à cycleur thermique, soit dans des installations de laboratoire sophistiquées. Entre-temps, parmi les six colorants visuels différents pour détecter avec précision les produits IC-RT-LAMP, le bleu d'hydroxynaphtol, GeneFinder ^TM et SYBR Green I pouvaient produire un changement de couleur et une luminosité stables et durables dans une approche basée sur un tube fermé pour éviter le risque de contamination croisée, et se sont finalement avérés être les meilleurs. Nous proposons donc ce test colorimétrique comme système de reconnaissance virale alternatif hautement fiable concernant la reconnaissance du PVY et probablement d'autres maladies virales.