Mohammed Sibte Hassan Mahmood
L'utilisation de pesticides et d'insecticides a augmenté dans les champs agricoles et les ménages, etc. pour lutter contre les nuisibles, gérer les nuisibles et prévenir les maladies causées par les insectes, respectivement, au cours d'une période donnée. Les insecticides sont également une catégorie de pesticides. Certains des pesticides les plus abondamment utilisés contiennent des composés organophosphorés comme ingrédient de base. Les composés organophosphorés sont des dérivés ester, amide et thiol de l'acide phosphorique. Ces composés sont hautement toxiques et leur accumulation dans le corps humain peut provoquer une neurointoxication. Ils désactivent l'acétylcholinestérase humaine (AChE) et arrêtent ainsi la neurotransmission de l'acétylcholine. Bien que le processus ne soit pas permanent, il dépend du temps que l'interaction entre le composé organophosphoré et l'AChE a pris avant que le vieillissement et la dénaturation de l'enzyme ne commencent. Avant le vieillissement de l'enzyme, un groupe de composés connus sous le nom d'oximes appartenant à la famille des amines peut être utilisé pour réactiver l'acétylcholinestérase humaine.
Les oximes sont divisées en quatre sous-catégories, à savoir : les aldoximes, les cétoximes, les esters d'oximes et les oximes stéroïdes, en fonction de leur orientation chimique. La première oxime a été développée par la République tchèque en 1956. Parmi elles, l'obidoxime et la pralidoxime sont utilisées en clinique depuis des années et sont synthétisées commercialement. Les oximes peuvent réactiver l'AChE humaine en éliminant le phosphate attaché à ses résidus dans les côtés actifs catalytiques, phosphorylés par des composés organophosphorés. Dans cette étude, les structures des oximes ont été obtenues à partir d'expériences précédemment réalisées. Les structures ont ensuite été converties en structures 2D (SDF) via PubChem. Les fichiers SDF ont ensuite été convertis au format PDB (3D) à l'aide de l'outil PyRx qui a produit une structure tertiaire des oximes, ce qui était une condition nécessaire pour effectuer l'amarrage. Quant à l'AChE humaine, les structures de l'AChE inhibée ont été téléchargées à partir de la Protein Data Bank au format PDB et nettoyées à l'aide de l'outil Chimera. Après avoir préparé les structures 3D, les oximes ayant les plus grandes chances de réactiver l'AChE inhibée ont été sélectionnées en observant les interactions entre l'AChE et l'oxime. Au total, 67 oximes de différentes catégories ont été sélectionnées, formant plus de 600 conformations de complexes enzyme-ligand. Pour améliorer encore les propriétés, les caractéristiques de toxicité et le métabolisme de ces oximes ont également été vérifiés à l'aide de ligplot+ et de Vega ZZ.