Journal de la technologie microbienne et biochimique

Abstrait

Comparaison de différentes méthodes d'isolement de l'ADN bactérien à partir de tissus d'huîtres vendues au détail

Qian Zhang, Min Dai, Yanhong Liu, Min Zhou, Xianming Shi et Dapeng Wang

Les huîtres sont des organismes filtreurs qui bioaccumulent les bactéries dans l'eau pendant qu'elles se nourrissent. Pour évaluer l'ADN génomique bactérien extrait des tissus d'huîtres vendues au détail, y compris les branchies et les glandes digestives, quatre méthodes d'isolement ont été utilisées. L'extraction de l'ADN génomique a été réalisée à l'aide des kits d'extraction d'ADN génomique sanguin Allmag™ (Allrun, Shanghai, Chine), des kits d'extraction d'ADN génomique bactérien MiniBEST (Takara, Dalian, Chine) et des méthodes de lyse au phénol-chloroforme et par ébullition. La concentration de l'ADN génomique a été mesurée à l'aide d'un spectrophotomètre. La pureté de l'ADN génomique a été évaluée par amplification par PCR de l'ADNr 16S, puis par détermination de l'efficacité de clonage de l'amplicon dans le vecteur pMD19-T. De plus, la qualité de l'ADN bactérien a également été évaluée par des tests PCR utilisant une paire d'amorces spécifiques à l'espèce pour Vibrio parahaemolyticus. Nos résultats ont montré que les deux kits commerciaux produisaient la plus grande pureté d'ADN, mais avec les rendements les plus faibles. La méthode au phénol-chloroforme a donné le rendement le plus élevé, bien qu'elle ait pris du temps. La méthode de lyse par ébullition était simple et rentable ; cependant, elle ne convenait qu'à l'isolement de l'ADN génomique des bactéries présentes dans des échantillons de détail après une étape d'enrichissement. Les deux kits commerciaux étaient de bons candidats pour l'extraction d'ADN génomique à partir de tissus d'huîtres de détail sans enrichissement.