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Abstrait
Construction de miRNA et profils d'expression génique associés à la cardiomyopathie ischémique : analyse bioinformatique
Phong Son Dinh, Jun-Hua Peng, ChauMy Thanh Tran, Thanh Loan Tran, Shang-Ling Pan
Objectif : La cardiomyopathie ischémique (CIM) est devenue la cause la plus fréquente de morbidité et de mortalité chez les personnes âgées au cours des dernières décennies. L'une des principales raisons à cela est que son mécanisme sous-jacent exact reste mal compris.
Méthode : Cinq ensembles de données ont été téléchargés à partir de la base de données GEO. L'expression différentielle des gènes (DGE) a été identifiée par le package R RobustRankAggreg. L'expression différentielle des miRNA a été évaluée par le package Limma. Les fonctions potentielles des gènes ont ensuite été déterminées par la base de données clusterProfiler. Le réseau de régulation miRNA-DGE a été prédit par cyTargetLinker. Ensuite, un réseau d'interaction protéine-protéine a été construit par l'outil STRING, MCODE et l'outil BiNGO.
Résultats : 91 miRNA et 274 gènes potentiels ont été identifiés. Parmi ceux-ci, COL1A1, IGF1 et CCND1 se sont révélés impliqués dans de nombreuses voies de signalisation ; et miR-9-5p s'est avéré jouer un rôle essentiel dans la MCI.
Conclusion : Notre étude a permis de découvrir les gènes clés potentiels et les miARN ainsi que la possible pathogénèse moléculaire sous-jacente de l’ICM, ce qui constitue une étape cruciale ouvrant la voie à une nouvelle voie d’intervention précoce dans ce trouble.
Objectif : La cardiomyopathie ischémique (CIM) est devenue la cause la plus fréquente de morbidité et de mortalité chez les personnes âgées au cours des dernières décennies. L'une des principales raisons à cela est que son mécanisme sous-jacent exact reste mal compris.
Méthode : Cinq ensembles de données ont été téléchargés à partir de la base de données GEO. L'expression différentielle des gènes (DGE) a été identifiée par le package R RobustRankAggreg. L'expression différentielle des miRNA a été évaluée par le package Limma. Les fonctions potentielles des gènes ont ensuite été déterminées par la base de données clusterProfiler. Le réseau de régulation miRNA-DGE a été prédit par cyTargetLinker. Ensuite, un réseau d'interaction protéine-protéine a été construit par l'outil STRING, MCODE et l'outil BiNGO.
Résultats : 91 miRNA et 274 gènes potentiels ont été identifiés. Parmi ceux-ci, COL1A1, IGF1 et CCND1 se sont révélés impliqués dans de nombreuses voies de signalisation ; et miR-9-5p s'est avéré jouer un rôle essentiel dans la MCI.
Conclusion : Notre étude a permis de découvrir les gènes clés potentiels et les miARN ainsi que la possible pathogénèse moléculaire sous-jacente de l’ICM, ce qui constitue une étape cruciale ouvrant la voie à une nouvelle voie d’intervention précoce dans ce trouble.