Journal des troubles sanguins et de la transfusion

Abstrait

Détection de chimérisme mixte de faible intensité à l'aide du génotypage SNP à haut débit

Aleksey Nakorchevsky, Eunice Flores, Li Xiangyang, Tao Hong et Anders Nygren

Les receveurs de greffes de moelle osseuse allogéniques (GMO) ou de greffes de cellules souches (GCS) nécessitent une surveillance clinique pour permettre un diagnostic précoce des effets indésirables post-transplantation tels que le rejet, la maladie du greffon contre l'hôte (GVHD) ou une rechute de tumeur maligne. Le triage des receveurs de greffe en milieu clinique est réalisé en surveillant la maladie résiduelle minimale (MRM) et en mesurant la quantité de chimérisme mixte dans les lymphocytes du sang périphérique (PBL). Alors que la surveillance de la MRD implique la détection des marqueurs spécifiques de la malignité, la mesure de l'étendue du chimérisme mixte peut être réalisée via des méthodes générales basées sur la PCR. Nous avons développé une méthode de génotypage SNP pour détecter de faibles niveaux de chimérisme mixte dans les PBL et l'ADN génomique. La sensibilité est obtenue en mesurant un biais cumulatif dans les données de génotypage sur une cohorte de 92 marqueurs SNP indépendants. Cette méthode a montré une sensibilité de 0,98 et une spécificité de 0,90 pour les échantillons de chimérisme mixte à 10 %, 5 % et 2 %. La spécificité globale de la méthode est de 0,98 et la précision est de 0,95. Les résultats montrent une concordance de 100 % avec les données STR pour un ensemble d'échantillons cliniques. L'avantage de cette méthode par rapport aux méthodologies déjà établies est qu'elle ne nécessite pas de marqueurs spécifiques à la maladie et qu'elle peut être multiplexée. La méthode et le logiciel d'analyse peuvent également être utilisés avec d'autres technologies de génotypage et de séquençage.