Journal de pathologie végétale et de microbiologie

Abstrait

Développement et application d'un test d'amplification isotherme à médiation par boucle pour la détection rapide de Fusarium Oxysporum f. Sp. lycopersici

Mohammad Amin Almasi, Seyed Mohammad Hosseini Dehabadi, Aboubakr Moradi, Zahra Eftekhari, Mehdi Aghapour Ojaghkandi et Saeedeh Aghaei

Un protocole de détection fiable et rapide des agents pathogènes, qui utilise pour la première fois l'amplification isotherme médiée par boucle colorimétrique (LAMP) a été développé pour la détection de Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici. À cet égard, les six amorces LAMP (à savoir F3, B3, FIP, BIP, LF et LB), ainsi que les amorces PCR (F et R) ont été conçues sur la base du gène de l'ARN ribosomique 28s (numéro d'accès GenBank : HM057281.1) du génome du champignon. Même si les tests PCR et LAMP pouvaient détecter avec succès les échantillons infectés positifs, compte tenu du temps, de la sécurité, du coût et de la simplicité, ce dernier était globalement supérieur. De plus, les résultats ont démontré que le test LAMP était 100 fois plus sensible et 4 fois plus rapide que la PCR. Il est intéressant de noter que la réaction LAMP pouvait détecter avec succès Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici sans purification de l'ADN (LAMP directe). Entre-temps, parmi les six colorants visuels utilisés pour détecter les produits LAMP, le bleu d'hydroxynaphtol, GeneFinderTM et SYBR Green I pourraient produire un changement de couleur et une luminosité stables et durables dans une approche basée sur un tube fermé, afin d'éviter le risque de contamination croisée. Dans l'ensemble, comme LAMP est sensible, rentable, assez facile à utiliser et peut également générer des résultats plus précis que les procédures de diagnostic précédentes, telles que les méthodes sérologiques, la PCR et d'autres méthodes moléculaires, nous proposons en conséquence ce test colorimétrique comme un système alternatif de reconnaissance de champignons hautement fiable pour la reconnaissance de Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici, et probablement d'autres maladies fongiques.