Journal de la technologie microbienne et biochimique

Abstrait

Développement et évaluation d'un service commercial de typage de souches basé sur les séquences pour Listeria monocytogenes

Tom Edlind et Yanhong Liu

Listeria monocytogenes est un important agent pathogène d'origine alimentaire et, par conséquent, un contaminant persistant dans de nombreuses installations de transformation des aliments. Le typage des souches est essentiel pour détecter et enquêter sur les épidémies, et peut être utilisé pour traquer les sources de contamination. Les systèmes de typage actuellement utilisés présentent des limites allant de la faible résolution et de la portabilité des données au coût élevé et à la complexité technique. L'objectif de cette étude était de développer une option d'externalisation pour le typage des souches de L. monocytogenes qui réponde à ces limites. La base de données NCBI Genomes représentant 109 souches a été examinée pour des loci contenant des répétitions en tandem très instructifs. Français Les plus prometteuses, appelées LmMT1 (0,8-1 kbp) et LmMT2 (0,7-0,8 kbp), présentaient des schémas complexes de polymorphisme (insertions/délétions et polymorphismes d'un seul nucléotide), des indices de diversité de 0,99 (LmMT1) et 0,98 (LmMT2), et étaient présentes dans tous les L. monocytogenes et dans une (LmMT1) à quatre (LmMT2) espèces supplémentaires de Listeria représentées dans les bases de données du NCBI. En utilisant un ensemble distinct de souches, Miya et al. (J. Microbiol. Methods, 2012, 90 : 285-291) ont précédemment rapporté des indices de diversité de 0,95 et 0,91 pour des régions plus limitées (0,3-0,5 kbp) de ces deux mêmes loci. L'analyse phylogénétique des séquences LmMT1 et LmMT2 a révélé des groupes distincts correspondant au sérotype (complexes 4b, 1/2a et 4a) et à la lignée évolutive (I, II et III/IV). Les comparaisons avec la PFGE, la norme de référence actuelle, suggèrent que le typage LmMT1 est tout aussi discriminant. Il est important de noter que les souches de quatre épidémies ont formé des groupes correspondants, bien que celles d'une épidémie de 2002 aient été divisées en isolats environnementaux et alimentaires/humains apparentés, ce qui remet en cause leur lien épidémiologique. En laboratoire, le typage LmMT1 et LmMT2 s'est avéré robuste, générant une séquence de haute qualité à partir de colonies soumises sous forme de suspensions inactivées par la chaleur non dangereuses. L'analyse des séquences LmMT1 de 62 souches diverses a démontré une concordance globale avec le typage basé sur le polymorphisme d'un seul nucléotide.