Journal de pathologie végétale et de microbiologie

Abstrait

Développement de protocoles de réaction en chaîne par polymérase quantitative en temps réel pour la détection et la différenciation rapides de Xylella fastidiosa subsp. fastidiosa et Xylella fastidiosa subsp. multiplex

Brittany Pierce, Lisa Morano et Blake Bextine

Xylella fastidiosa est une bactérie phytopathogène à Gram négatif, limitée au xylème, qui est transmise entre les hôtes par le tireur d'élite à ailes vitreuses (Homalodisca vitripennis). Plusieurs sous-espèces de X. fastidiosa existent, présentant un certain degré de spécificité de l'hôte. X. fastidiosa subsp. fastidiosa est l'agent causal de la maladie de Pierce de la vigne. X. fastidiosa subsp. multiplex et X. fastidiosa subsp. sandyi sont couramment présents en Amérique du Nord mais ne provoquent pas la maladie de Pierce. Un diagnostic rapide pour déterminer la présence de X. fastidiosa et la différenciation de ces sous-espèces est nécessaire pour une gestion et une prévention efficaces de la maladie de Pierce. Dans cette étude, trois méthodes permettant de distinguer les sous-espèces de X. fastidiosa à l'aide de la réaction en chaîne par polymérase quantitative en temps réel ont été comparées. L'analyse de la courbe de fusion SYBR ® green, Eva Green ® et Takara SYBR Green ® des amplicons partiels de gyraseB, des amplicons du gène zot1 et de cinq amplicons tonB a été évaluée pour la cohérence et la qualité. Des protocoles de diagnostic basés sur les sondes d'hybridation TaqMan ® et Molecular Beacon ® ont été développés en mettant l'accent sur une insertion multiplex de X. fastidiosa subsp. dans le gène zot1. Nous avons découvert que les protocoles de diagnostic basés sur SYBR ® Green et TaqMan ® ne fournissaient pas la résolution nécessaire pour une différenciation précise et cohérente des sous-espèces de X. fastidiosa. Les protocoles de diagnostic que nous avons développés en utilisant la sonde Molecular Beacon ® permettent une différenciation hautement spécifique et fiable des sous-espèces de X. fastidiosa, même dans les cas où les sous-espèces étaient mélangées en solution. Ces nouvelles méthodes fournissent un protocole plus fiable par lequel les sous-espèces de X. fastidiosa peuvent être rapidement identifiées à des fins d'étude en laboratoire et de diagnostic d'échantillons.