Journal de la technologie microbienne et biochimique

Abstrait

La colonisation différentielle des parties de la plante par le microbiote du rumen est probablement due à des compositions chimiques fourragères différentes

Sharon A. Huws, Olga L. Mayorga, Michael K. Theodorou, Eun J. Kim, Alan H. Cookson, Charles J. Newbold et Alison H. Kingston-Smith

Français Dans cette expérience, nous avons étudié l'hypothèse selon laquelle l'hétérogénéité des structures végétales présente une disparité dans les niches disponibles pour la colonisation par le microbiote du rumen, ce qui entraîne une colonisation différentielle. La tige et les feuilles fraîches de ray-grass vivace (PRG) ont été incubées en présence de bactéries du rumen dans des conditions similaires à celles du rumen, les incubations étant récoltées à de nombreux intervalles de temps allant jusqu'à 24 h. La dégradabilité de la matière sèche in vitro (IVDMD) du matériau de la tige était inférieure à celle des feuilles à tous les moments de la récolte. Les dendrogrammes dérivés de l'électrophorèse sur gel à gradient dénaturant (DGGE), l'analyse canonique des coordonnées principales (CAP) et PERMANOVA ont démontré que la diversité des bactéries attachées au matériau de la tige et des feuilles du PRG était différente à tous les moments de la récolte, bien que les données QPCR aient montré des quantités similaires d'ADNr 16S bactérien sur le matériau de la tige et des feuilles à tous les moments de la récolte. À l'inverse, la diversité bactérienne sur les surfaces abaxiales et adaxiales des feuilles était similaire, mais la quantité d'ADNr 16S différait avec plus d'ADNr 16S sur la surface adaxiale à tous les moments de la récolte. L'analyse d'images obtenues par microscopie électronique à balayage à basse température (LTSEM) a confirmé que la couverture du biofilm sur la surface adaxiale était supérieure à celle de la surface abaxiale. Nous démontrons que différentes parties de la plante peuvent affecter la diversité bactérienne attachée et/ou la quantité d'ADNr 16S présente. Ce résultat est cohérent avec les concepts de spécialisation de niche par le microbiote du rumen. Cette observation est particulièrement pertinente pour comprendre les interactions plantes-microbes du rumen, ce qui est nécessaire au développement de nouvelles stratégies pour améliorer l'efficacité de l'utilisation des nutriments par les ruminants.