Technologie génétique

Abstrait

La PCR numérique par gouttelettes offre une méthode rapide, précise et économique pour l'identification des génotypes du biomarqueur FcγRIIIa-F158V

Paul Griffith, David Sun, Sarah R Tritsch, Caroline Jochems, James L Gulley, Jeffrey Schlom et Xiaolin Wu

Le développement de nouveaux anticorps monoclonaux, de vaccins et de thérapies virales oncolytiques s'appuie sur l'analyse de biomarqueurs comme prédicteurs potentiels de succès. Un biomarqueur bien étudié est le résidu 158 F/V du récepteur CD16/FcγRIIIa. L'identification de variantes par génotypage du locus FcγRIIIa est largement pratiquée et très variée avec des méthodes couramment utilisées, notamment : le séquençage de Sanger, la cytométrie de flux, la PCR/RFLP, Goldengate (remplacé par Infinium) et l'analyse TaqMAN. Bien que chacune de ces méthodes soit largement étayée par des publications liées au résidu 158 F/V CD16/FcγRIIIa, la majorité d'entre elles présentent des lacunes importantes dans l'identification des homozygotes (de type sauvage et mutant) et des hétérozygotes de manière rapide et économique. L'utilisation de la PCR numérique en gouttelettes avec des sondes spécifiques FcγRIIIa-F158V permet un génotypage précis grâce à la reconnaissance directe de la séquence dans les échantillons génomiques à un coût moyen inférieur et dans un délai d'exécution plus rapide. Nous démontrons ici l'utilisation de la ddPCR pour identifier avec précision les génotypes FcγRIIIa-F158V avec confirmation par séquençage Illumina dans 128 échantillons de patients.