Nasstasja Wassilew, Doris Hillemann, Florian P. Maurer, Thomas A. Kohl, Matthias Merker, Folke Brinkmann, Marc Lipman et Katharina Kranzer
Introduction : Un nouveau test de sonde de lignée, le GenoType® NTM DR, a été développé pour l'identification des sous-espèces et la détection de la résistance aux macrolides et aux aminoglycosides dans les isolats cliniques de Mycobacterium abscessus. Nous avons étudié les performances du test par rapport au séquençage de l'ADN et aux tests de sensibilité phénotypique aux médicaments (pDST).
Méthodes : 48 isolats cliniques de M. abscessus collectés entre 2015 et 2016 ont été identifiés au niveau de la sous-espèce et analysés pour le génotype erm (41) et les mutations des gènes rrl et rrs par séquençage de Sanger. Une microdilution en bouillon a été réalisée pour le pDST de la clarithromycine et de l'amikacine. Les résultats ont été comparés à ceux du test GenoType® NTM DR. Les résultats discordants ont été analysés plus en détail par répétition du pDST et du séquençage du génome entier (WGS).
Résultats : 35 isolats ont été identifiés comme M. abscessus subsp. abscessus, 6 comme M. abscessus subsp. bolletii et 7 comme M. abscessus subsp. massiliense sur la base des séquences rpoB. La concordance des résultats de GenoType® NTM DR avec le séquençage Sanger était de 92 % pour l'identification des sous-espèces et de 100 % pour les génotypes erm (41), rrl et rrs, respectivement. Les résultats de GenoType® NTM DR et pDST correspondaient à 98 % pour la résistance à la clarithromycine et à 96 % pour la résistance à l'amikacine lorsque les résultats répétés du pDST étaient pris en compte.
Conclusion : Le nouveau test GenoType® NTM DR est un test précieux pour l'identification des sous-espèces d'isolats de M. abscessus et la détection de mutations définies conférant une résistance à l'amikacine et à la clarithromycine. Les différences entre le test de sonde de ligne et le pDST sont principalement liées aux variations des résultats des tests phénotypiques.