Journal de la technologie microbienne et biochimique

Abstrait

Exploitation de l'électrophorèse sur gel à gradient dénaturant dans l'analyse de la diversité microbienne

Shah adjoint

Une application de l'électrophorèse sur gel à gradient des fragments de gènes amplifiés par PCR a été réalisée pour l'hydrogénase. Une analyse comparative des séquences de gènes d'hydrogénase [NiFe] a été réalisée avec cinq amorces PCR différentes. Ces amorces ont été testées dans diverses combinaisons sur l'ADN génomique de différentes bactéries contenant et dépourvues d'hydrogénase. Pour les espèces desulfovibrio, une seule paire d'amorces semblait être spécifique, tandis que d'autres donnaient des résultats positifs avec d'autres bactéries. En utilisant cette paire d'amorces spécifiques, nous avons pu amplifier les gènes d'hydrogénase [NiFe]. Cependant, ce n'est qu'après avoir déterminé le nombre d'espèces différentes desulfovibrio dans les échantillons que l'analyse DGGE de ces produits PCR a pu être établie. L'analyse DGGE des produits PCR de différents bioréacteurs a démontré jusqu'à deux radicaux, dans lesquels au moins cinq bandes distinctes ont été détectées dans l'échantillon de tapis microbien. Étant donné que ces groupes sont probablement autant d'espèces desulfovibrio dans ces échantillons, nous concluons que la diversité génétique dans le tapis microbien naturel des espèces desulfovibrio est bien plus grande que dans les bioréacteurs expérimentaux.