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Abstrait
Gene2Path : un outil d'analyse de données pour étudier les voies génétiques des poissons par recherche automatique de gènes orthologues
Natalia Ballesteros, Néstor Aguirre, Julio Coll, Sara I Pérez-Prieto et Sylvia Rodríguez Saint-Jean
La plupart des données sur les voies de régulation des gènes issues d'expériences biochimiques et moléculaires proviennent d'êtres humains ou d'espèces couramment utilisées comme modèles animaux expérimentaux. Par conséquent, les logiciels permettant d'analyser ces données sur la base de codes d'identification (ID) ou de numéros d'accès (AN) spécifiques aux gènes ne sont pas faciles à appliquer à d'autres organismes moins caractérisés au niveau génomique. Nous avons développé ici le programme Gene2Path qui recherche automatiquement les bases de données sur les voies pour analyser les données de microarray de manière indépendante et spécifique à l'espèce. Nous avons illustré la méthode avec des données obtenues à partir d'un microarray de truite arc-en-ciel à ciblage immunitaire pour rechercher des voies orthologues définies pour d'autres espèces biologiques bien connues, telles que le poisson zèbre, bien que le logiciel puisse être appliqué à tout autre cas ou espèce d'intérêt. Les scripts et le programme sont disponibles gratuitement sur le site Web « GENE2PATH » http://gene2path.no-ip.org/cgi-bin/gene2path/index.cgi. Un guide d'utilisation et des exemples sont fournis avec le logiciel. Le logiciel Gene2Path permet la recherche automatisée dans les bases de données NCBI et la visualisation simple des données récupérées sur la base d'un environnement réseau graphique.