Journal of Carcinogenesis & Mutagenesis

Abstrait

L'identification à l'échelle du génome des sites de liaison de l'IRF1 révèle une occupation extensive des gènes associés à la mort cellulaire

Alessandro Rettino et Nicole M Clarke

L'IRF1 est un facteur de transcription impliqué dans la signalisation de l'interféron et il a été démontré qu'il abritait une activité suppressive de tumeur. Afin d'identifier de manière exhaustive les voies régulées par l'IRF1, nous avons utilisé l'immunoprécipitation de la chromatine suivie d'un séquençage parallèle massif (ChIP-seq) pour évaluer les cibles génétiques de l'IRF1 à l'échelle du génome. Nous avons identifié 17 416 événements de liaison au total dans les cellules cancéreuses du sein. La catégorisation fonctionnelle des sites de liaison après traitement par IFNgamma (interféron-gamma) a déterminé que « l'apoptose » ou la « mort cellulaire » est le processus cible le plus enrichi. L'analyse de la découverte de motifs des régions chromosomiques liées à l'IRF1 a identifié un certain nombre de motifs uniques corrélés à l'apoptose, aux dommages à l'ADN et aux processus immunitaires. L'analyse des données du transcriptome GEO des cellules transduites par IRF1 ou des fibroblastes traités par IFN-gamma indique que les cibles liées à l'IRF1 dans les cellules traitées par IFN sont associées à une réponse transcriptionnelle positive. De nombreux gènes cibles enrichis issus de l'analyse d'expression sont associés à l'apoptose. Il est important de noter que ces données indiquent qu'une fonction importante d'IRF1 est la régulation des voies apoptotiques anticancéreuses, ce qui renforce le rôle d'IRF1 en tant que suppresseur de tumeur.