Journal de bactériologie et parasitologie

Abstrait

Génotypage du VHB et analyse phylogénétique par PCR multiplex à l'aide de paires d'amorces spécifiques de type dans la population pakistanaise

Javed Iqbal, Abida Raza et Jabar Zaman Khan Khattak

Contexte : Le virus de l'hépatite B, responsable d'un carcinome hépatocellulaire aigu et chronique, reste un problème de santé grave qui touche plus de 350 millions de personnes dans le monde. Sur le plan géographique, neuf génotypes du VHB ont été identifiés jusqu'à présent. Quatre cadres de lecture ouverts nommés (ORF P, S, F et X) lui permettent de cibler spécifiquement les cellules hépatocytaires. De plus, le processus de transcription inverse présent dans le cycle de vie du VHB a entraîné des taux de mutation quatre fois supérieurs à ceux de l'adénovirus. Les différences structurelles et fonctionnelles entre les génotypes du VHB sont le pilier de la gravité, des complications, du traitement et éventuellement de la vaccination contre le virus. Le génotypage de l'hépatite B est important pour évaluer ses implications cliniques et sa distribution géographique, mais les sous-génotypes se sont avérés utiles pour la détermination de marqueurs génomiques spécifiques liés à l'hépatocarcinogenèse et aux thérapies médicales. Au Pakistan, il n'existe aucune donnée disponible sur l'analyse évolutive moléculaire du VHB. Une étude était donc indispensable pour évaluer les spectres des souches dominantes prévalentes ici.

Objectifs : Cette étude visait à déterminer la prévalence des génotypes du VHB dans la population pakistanaise. Dans cette recherche, nous nous sommes attachés à découvrir les nouvelles souches et sous-génotypes du VHB. Le Pakistan est l'un des pays où le VHB est endémique, mais il n'existe aucune donnée sur les sous-génotypes et leur recombinaison ou sur la parenté phylogénétique du virus endémique dans le pays. La présente étude a été menée dans cette perspective. Cette étude aidera les futurs chercheurs à étudier d'autres aspects des souches liées au VHB au Pakistan et également sur ses thérapies médicales.

Lieu et durée de l'étude : La présente étude a été réalisée au laboratoire de réaction en chaîne par polymérase (PCR), Institut de médecine nucléaire, d'oncologie et de radiothérapie [NORI], Islamabad, et les échantillons ont été collectés entre septembre 2012 et février 2014.

Français : Conception de l'étude : Un total de 450 échantillons positifs à l'antigène de surface de l'hépatite B HBsAg et à l'ADN du VHB ont été collectés dans la première étape au cours de la période de septembre 2012 à février 2014 et envoyés au Nuclear Medicine Oncology and Radiotherapy Institute [NORI], pour une analyse plus approfondie. Tous les échantillons ont été génotypés par la méthode de paire d'amorces PCR imbriquées spécifique de type pour 8 génotypes du VHB de A à H. Les patients ont été sélectionnés au hasard indépendamment de leur âge et de leur sexe et un consentement écrit (consentement parental dans le cas de moins de 18 ans) a été obtenu. L'étude a été approuvée par un comité d'éthique. Dans notre recherche, nous avons utilisé la technique d'amorce spécifique de type pour découvrir la souche dominante dans les populations pakistanaises et en outre son analyse phylogénétique avec des séquences de référence récupérées dans les bases de données du NCBI.

Résultats : Nos résultats ont montré une relation directe entre la charge virale et les génotypes identifiés et ont mis en évidence que le génotype D est le génotype le plus prédominant et prévaut en proportions élevées parmi tous les génotypes de la population pakistanaise. Les infections par un mélange de génotypes VHB de génotypes A avec B et C, D avec B et C constituent environ 17 pour cent de tous les échantillons. Des sous-génotypes de différentes souches de VHB ont été identifiés sur la base de différences dans les séquences nucléotidiques complètes. Les résultats positifs de la PCR ont été répétés deux fois pour confirmation. De plus, l'analyse phylogénétique a révélé une homologie entre nos séquences rapportées et les séquences de référence. La méthode phylogénétique a montré que les génotypes/sous-génotypes varient dans les zones géographiques et sont fortement corrélés à l'ethnicité.

Conclusion : Le génotype D a été identifié et s'est révélé être le génotype le plus dominant dans la communauté pakistanaise, présentant des sous-génotypes de D1 et D3 dans notre étude. Les génotypes A et D sont présents en tant que co-infection l'un avec l'autre et ont contribué en tant que deuxième groupe génotypique prédominant. De plus, l'analyse phylogénétique a révélé que les génotypes varient selon les zones géographiques et sont fortement corrélés aux séquences de référence du NCBI.