Journal of Pharmacogenomics & Pharmacoproteomics

Abstrait

Comment le séquençage en temps réel d'une molécule unique peut améliorer le pronostic et le conseil génétique dans la dystrophie myotonique de type 1

Stéphanie Tomé

La dystrophie myotonique de type 1 (DM1) résulte de l'expansion d'une répétition CTG instable qui augmente généralement au fil des générations et au fil du temps dans les tissus somatiques. L'instabilité de la répétition CTG et les manifestations cliniques de la DM1 dépendent de la longueur de la répétition elle-même et de la pureté de la séquence répétée. Le conseil génétique dans la DM1 est très complexe, en raison de la présentation clinique très variable et des difficultés techniques pour déterminer la taille et la pureté de l'expansion CTG. Nous avons utilisé le séquençage en temps réel PacBio Single-Molecule Real-Time (SMRT) pour mesurer avec précision la taille des répétitions CTG importantes et identifier les interruptions de séquence de l'allèle étendu afin de comprendre la variabilité clinique et génétique chez les patients atteints de DM1. Nous avons séquencé plusieurs patients atteints de DM1 avec des expansions de répétitions CTG allant de 130 à > 1000 répétitions CTG sur les systèmes Sequel I et II à partir d'amplicons purifiés. Nous avons obtenu plus de 77 % de lectures DM1 complètes par échantillon, avec > 70 % des lectures provenant d'allèles étendus. Les données incluent des lectures longues dans la plage de taille attendue pour tous les échantillons, y compris les patients atteints de DM1 avec plus de 1000 répétitions CTG (Tableau 1 et Réf. 1). Le séquençage SMRT est très prometteur pour séquencer les grandes expansions de répétitions de triplets, pour identifier les interruptions de répétitions CTG et pour estimer le mosaïcisme somatique chez les patients atteints de DM1. Cette méthode peut améliorer considérablement le pronostic et les conseils offerts aux patients.