Journal de recherche et de thérapie sur les cellules souches

Abstrait

Identification et analyse des schémas des SNP impliqués dans le cancer colorectal

Praneti Patidar et Jyoti Bhojwani

Le cancer colorectal (CCR) est la deuxième cause de décès par cancer dans le monde, avec un risque à vie de 80 à 100 % pour chaque individu. La génétique et les mécanismes pertinents sous-jacents à certaines voies de signalisation clés comme Wnt, TGF, p53, K-ras, etc. jouent un rôle néfaste dans la prédisposition au CCR. Un pourcentage élevé de tumeurs colorectales (adénomes et carcinomes) présentent des mutations activatrices de la bêta-caténine ou de l'axine, tandis que la perte de certains gènes suppresseurs de tumeurs (TSG), comme APC, provoque l'initiation de polypes aléatoires dans le côlon. Toutes ces molécules sont d'ailleurs des composants essentiels d'une voie de signalisation Wnt conservée au cours de l'évolution, qui joue un rôle déterminant à différents moments dans le développement de cette maladie. Les différences dans les profils SNP parmi les groupes d'échantillons dans le paysage génomique peuvent être reconnues grâce à une utilisation intelligente et efficace des techniques d'apprentissage automatique. Les analyses statistiques et les analyses de modèles de ces profils SNP nous fournissent de manière intéressante une plate-forme concrète et logique sur laquelle la/les contribution(s) relative(s) de chaque SNP unique, allant de « la cause à l’effet », peuvent être évaluées de manière significative. La pertinence biologique de ces variations de SNP par rapport à la prédiction et à la prédisposition au cancer reste cependant à résoudre, en attendant une meilleure compréhension de l’impact de la conception de contrôle rationnel dans les études SNP. Nos résultats issus des analyses de SNP significatifs rapportés ici démontrent l’utilité d’ outils bioinformatiques pertinents et de techniques d’apprentissage automatique pour discriminer les populations malades sur la base de données SNP réalistes. Dans cette étude, nous avons principalement ciblé les membres critiques de la voie de signalisation Wnt, qui jouent un/des rôle(s) développemental(aux) important(s) à différents stades du cancer colorectal, décrivant une « nature multigénique-multi-étapes » classique du cancer. Nous avons identifié et relié des variantes génétiques communes pour les membres « à action précoce » et « à action tardive » de cette voie, qui sont les plus répandus chez les patients atteints d’un cancer colorectal, en exploitant la puissance des outils de biologie du développement. En outre, des relations et des corrélations complexes cachées dans de grands ensembles de données ont été creusées et analysées ici, en déployant diverses techniques d'exploration de données (bioinformatique). Le rapport examine la portée d'une telle approche combinatoire, en identifiant certaines cibles thérapeutiques candidates potentielles, dans la recherche translationnelle et les interventions en médecine clinique.