Journal de la technologie microbienne et biochimique

Abstrait

Identification des espèces de Trichoderma par code-barres ADN et criblage de l'activité cellulolytique

Abdelmegid I Fahmi, Ragaa A Eissa, Khalil A El-Halfawi, Hanafy A Hamza et Mahmoud S Helwa

L'identification des espèces d'isolats de Trichoderma provenant de différents endroits du delta du Nil en Égypte a été réalisée et leurs activités cellulolytiques ont été analysées. Sur la base des caractéristiques morphologiques, 75 % des isolats ont été identifiés au niveau de l'espèce et ils ont été divisés en quatre groupes agrégés. La caractérisation morphologique seule n'était pas suffisante pour identifier précisément les espèces de Trichoderma car elles ont relativement peu de caractères morphologiques et une variation limitée qui entraînent un chevauchement et une mauvaise identification des isolats. Par conséquent, il était nécessaire d'utiliser une technique moléculaire pour compenser les limites de la caractérisation morphologique. Le séquençage de l'ADN de la région 5.8S-ITS a été réalisé à l'aide d'amorces spécifiques ITS1 et ITS4. En comparant les séquences de la région 5.8S-ITS aux séquences déposées dans GenBank à l'aide du programme BLAST, tous les isolats peuvent être identifiés au niveau de l'espèce avec un pourcentage d'homologie d'au moins 99 %. De plus, l'outil de recherche TrichOKEY a été utilisé pour évaluer la fiabilité de Genbank et les résultats étaient en accord à 92 % avec les résultats BLAST. Les données ont indiqué une diversité d'espèces étroite et deux espèces principales prédominaient, à savoir T. longibarchiatum et T. harzianum. La distribution des nucléotides, ainsi que la teneur en (G+C) dans la région ITS des isolats, ont indiqué une large gamme de variations interspécifiques. Enfin, les isolats ont été évalués pour leurs activités cellulosiques totales à l'aide d'une méthode cellulose-azur, pour l'activité exoglucanases à l'aide de la méthode Avicel et pour l'activité endoglucanase à l'aide des méthodes de carboxyméthylcellulose (CMC) et de cellulose gonflée à l'acide. Par conséquent, onze isolats ont été sélectionnés comme étant les meilleurs isolats parmi les 28 isolats utilisés pour leur capacité cellulolytique.