Journal of Aquaculture Research & Development

Abstrait

Introduction à l'établissement de l'analyse comparative des séquences de gènes d'ARNr 16S avec amoA et nxrA pour les bactéries nitrifiantes isolées de la zone humide de l'est de Kolkata : un site Ramsar international

Saha M, Sarkar A et Bandhophadhyay B

Le cycle de l'azote est très complexe et très important pour la vie sur terre. Les bactéries nitrifiantes qui effectuent le processus de cycle de l'azote jouent un rôle essentiel dans le contrôle de la qualité de l'eau, il est donc très important de créer une base de données d'empreintes génomiques pour la surveillance et le suivi de la variabilité génétique des bactéries nitrifiantes et également pour établir un protocole de biosécurité pour les Bheries situées dans différentes zones du Bengale occidental. Les relations évolutives actuelles et la diversité naturelle des bactéries oxydantes de l'ammoniac (AOB) et des bactéries oxydantes du nitrite (NOB) sont principalement basées sur des analyses de séquences comparatives de leurs gènes codant pour l'ARNr 16S et le polypeptide du site actif de l'ammoniac monooxygénase (AmoA) et de la nitrite oxydoréductase (NxrA) dans la zone humide de l'est de Kolkata. Cette étude a étendu de manière significative les bases de données 16S rRNA et amoA pour AOB, les bases de données nxrA pour NOB. Français Par conséquent, l'un ou l'autre des marqueurs fonctionnels (amoA ou nxrA) peut être utilisé pour tracer les oxydants d'ammoniac ou le marqueur structurel (16S rADN) peut être utilisé pour tracer des espèces spécifiques dans les études environnementales. Ces techniques comprenaient l'utilisation de gènes 16S rADN pour caractériser les populations naturelles d'AOB et de NOB et pour analyser leurs caractéristiques taxonomiques et phylogénétiques. La perception actuelle de la phylogénie AOB et NOB établie par l'analyse comparative de la séquence d'ARNr 16S pourrait être confirmée indépendamment en exploitant les gènes amoA et nxrA et prouvée comme un marqueur phylogénétique alternatif. L'objectif de notre travail est d'étudier le potentiel du gène de la sous-unité A de la monooxygénase d'ammoniac (amoA) et du gène de la nitrite oxydoréductase (nxrA) comme marqueurs fonctionnels des AOB et des NOB ainsi que l'analyse de la séquence d'ADNr 16S dans EKW. Pour la surveillance écologique, des gènes comme amoA et nxrA spécifiques des bactéries nitrifiantes faisant l'objet de recherches actuelles pourraient constituer un outil plus fiable.