Journal de bactériologie et parasitologie

Abstrait

Génomique comparative microbienne : aperçu des outils et des connaissances sur le genre Corynebacterium

Amjad Ali, Siomar C Soares, Eudes Barbosa, Anderson R Santos, Debmalya Barh, Syeda M. Bakhtiar, Syed S. Hassan, David W Ussery, Artur Silva, Anderson Miyoshi et Vasco Azevedo

Le séquençage de nouvelle génération (NGS) a permis de fournir des séquences génomiques complètes d'organismes pathogènes et d'importance commerciale en un temps limité et à un coût minimal. La génomique comparative computationnelle est nécessaire, étant donné que nous séquençons des milliers d'organismes chaque jour, mais nos connaissances de suivi sont encore très limitées. Néanmoins, les informations génomiques d'un seul génome ne sont pas suffisantes pour fournir des informations sur le mode de vie et une vue étendue du patrimoine génétique d'une espèce. Plusieurs génomes pourraient enrichir notre compréhension de la parenté et des variations des organismes. Par conséquent, l'analyse génomique comparative reste un outil puissant pour identifier les gènes orthologues dans les espèces, la présence et l'absence de gènes spécifiques, les signaux évolutifs et
les régions candidates associées à la pathogénicité. De plus, les stratégies pangénomiques, associées à la génomique soustractive, aident à mettre en évidence les relations inter- et intra-espèces, le noyau conservé et le pan-génome pour caractériser les facteurs de virulence, les cibles médicamenteuses et les candidats vaccins. Dans cet article, nous présentons un aperçu des prérequis de la génomique comparative microbienne : technologies de séquençage, outils d'alignement, pipelines d'annotation, bases de données et ressources, outils de visualisation et de génomique comparative, et stratégies. Enfin, nous présentons des informations basées sur l'analyse génomique comparative et fonctionnelle et des découvertes récentes sur le genre Corynebacterium.