Journal de pathologie végétale et de microbiologie

Abstrait

Détermination moléculaire et caractérisation du gène ARNr 16S de Phytoplasma dans certaines graminées sauvages de l'ouest du Kenya

Adam OJ, Midega CAO, Runo S et Khan ZR

La production de l'herbe à éléphant (Pennisetum purpuruem) pour les systèmes de pâturage zéro a été réduite à des taux allant jusqu'à 90 % dans de nombreux champs de petites exploitations par la maladie du rabougrissement de l'herbe à éléphant (Ns) causée par le sous-groupe de phytoplasmes 16SrXI dans l'ouest du Kenya. On suppose que plusieurs autres graminées sauvages du Kenya pourraient être infectées par des phytoplasmes qui constitueraient autrement une menace importante pour l'herbe à éléphant, d'autres aliments importants et les cultures vivrières. Cette étude a donc cherché à détecter et à identifier les souches de phytoplasmes infectant les graminées sauvages dans l'ouest du Kenya en utilisant le gène de l'ARN ribosomal (acide ribonucléique) 16S ainsi qu'à identifier les espèces d'herbes sauvages hébergeant des phytoplasmes dans 646 échantillons d'herbes sauvages qui ont été collectés en octobre 2011 et janvier 2012 lors d'une enquête transversale aléatoire menée dans les comtés de Bungoma et de Busia dans l'ouest du Kenya. L'ADN a été extrait et la réaction de polymérase imbriquée (nPCR) a été utilisée pour détecter les phytoplasmes. Deux sous-groupes de phytoplasmes ont été détectés dans huit espèces d'herbes observées poussant à proximité de champs de napier infectés. Un seul des deux phytoplasmes signalés était lié au phytoplasme Ns. Il y avait une forte association entre les proportions d'infection par le phytoplasme et les espèces d'herbes collectées (p = 0,001). C. dactylon, D. scalarum, B. brizantha, poor grass et P. maximum avaient des proportions élevées d'infection et étaient abondamment répartis dans l'ouest du Kenya, d'où leur classement comme hôtes sauvages de phytoplasmes. E. indica et C. ciliaris étaient peu répartis et avaient de faibles taux d'infection. Il y avait une différence statistiquement significative dans les proportions d'infection par lieu d'enquête (p = 0,001). Les sous-groupes de phytoplasmes 16SrXI et 16SrXIV étaient les seuls génotypes de phytoplasmes répartis parmi les graminées sauvages de l'ouest du Kenya. Le sous-groupe de phytoplasmes 16SrXIV infecte principalement les graminées C. dactylon et B. brizantha, tandis que le sous-groupe de phytoplasmes 16SrXI a un large spectre et infecte un grand nombre d'herbes sauvages. En général, il existe une diversité d'herbes sauvages hébergeant des phytoplasmes dans l'ouest du Kenya. Ces graminées hôtes peuvent être la raison des taux élevés observés dans la propagation de la maladie Ns dans l'ouest du Kenya en agissant comme réservoirs pour le phytoplasme Ns.