Journal of Pharmacogenomics & Pharmacoproteomics

Abstrait

Quantification des données affichées sur la carte thermique pour une analyse à haut débit

Paul Juneau

Les cartes thermiques ont été utilisées comme moyen de visualiser des informations à haute densité dans des contextes aussi divers que l'astronomie, l'analyse commerciale et la météorologie . Les équipes de recherche en biologie de la découverte ont également utilisé des cartes thermiques pour visualiser des groupes de gènes dans des études génomiques ou pour étudier la distribution des acides aminés dans l'analyse des séquences protéiques. Les progiciels disponibles dans le commerce, comme Spotfire® ou SAS JMP®, permettent aux chercheurs scientifiques de construire des cartes thermiques et de visualiser les informations issues des études, mais n'offrent aucune forme de statistique récapitulative qui serait utile dans les enquêtes à haut débit comparant les résultats d'un grand nombre de visualisations de données simultanément ou visualisant les changements dans l'affichage de manière longitudinale (au fil du temps).

Auparavant, Juneau a suggéré l'utilisation de la caractérisation de la lacunarité de Plotnick (1996) pour les affichages de données de cartes thermiques bidimensionnelles en deux couleurs ou nuances. Pour c (c>2) nuances discrètes (dans une carte monochromatique) ou teintes (dans un affichage en couleur), l'auteur proposera une modification de l'approche de Plotnick en utilisant l'approche de la boîte glissante sous-jacente développée par Allain et Cloitre, mais avec une modification des moyens de comptage des caractéristiques.