Journal de pathologie végétale et de microbiologie

Abstrait

Détection et quantification rapides de Fusarium udum dans les échantillons de sol et de plantes à l'aide de la PCR en temps réel

Sukumar Mesapogu, Bandamaravuri Kishore Babu, Achala Bakshi, Somasani S. Reddy, Sangeeta Saxena, Alok K. Srivastava et Dilip K. Arora

Un test de détection basé sur la PCR en temps réel a été développé pour Fusarium udum, responsable du flétrissement vasculaire du pois d'Angole. Le gène Histone-3 de F. udum a été ciblé pour concevoir des amorces et une sonde spécifiques à l'espèce. Une étude comparative a été entreprise pour développer une procédure fiable et reproductible pour la détection et la quantification de F. udum à partir de divers échantillons. La sensibilité et la spécificité des oligonucléotides ont été évaluées par hybridation dot blot, des tests PCR standard et en temps réel. La sonde HFUSP a montré un degré élevé de sensibilité pour l'ADN obtenu à partir de cultures pures de F. udum par rapport à celui des échantillons d'ADN environnementaux. Le test qPCR a spécifiquement différencié F. udum des espèces étroitement apparentées de Fusarium, d'autres microbes tests et d'échantillons environnementaux. La courbe de fusion unique à 84,17 et une bande monomorphe de 200 pb indiquent la spécificité et l'authenticité des tests PCR. Ainsi, le test PCR en temps réel peut être utilisé comme une procédure rapide et efficace qui peut détecter des quantités infimes de F. udum dans des environnements complexes. Par conséquent, le test PCR en temps réel démontré dans la présente étude peut être utilisé avec succès pour la détection et la surveillance de F. udum pour une infection précoce et l'épidémiologie de la maladie du flétrissement vasculaire du pois d'Angole.