Journal de la technologie microbienne et biochimique

Abstrait

Technologie récente de la microbiologie clinique : séquençage du génome entier (WGS) et spectrométrie de masse à temps de vol et désorption-ionisation laser assistée par matrice (MALDI-TOF MS)

Jeongsook Y

Le sujet le plus brûlant dans le domaine de la microbiologie clinique ces dernières années est l'application du séquençage du génome entier (WGS) au diagnostic clinique et à la thérapeutique grâce à la méthodologie du séquençage de nouvelle génération. L'application du WGS comprend l'identification des espèces, l'étude épidémiologique et l'étude de la résistance aux antimicrobiens, etc. L'analyse basée sur le polymorphisme d'un seul nucléotide (SNP) augmente la précision et la sensibilité de l'identification des espèces grâce à un pouvoir discriminant marqué, et la capacité de suivi du processus de transmission permet de contrôler les infections, y compris les épidémies. Nous pouvons clarifier le mécanisme de résistance aux antimicrobiens des bêta-lactamases ou des carbapénémases à spectre étendu et élucider le mécanisme de transfert horizontal des îlots génomiques mobiles. En cas de mise en place d'une nouvelle méthode de PCR, la cible et l'amorce pourraient être choisies en utilisant des bases de données WGS. La méthode MALDI-TOF est utilisée dans presque tous les laboratoires, pour identifier les espèces bactériennes, fongiques et mycobactériennes. L'identification directe dans un flacon d'hémoculture est possible chez les patients atteints de bactériémie, et les bêta-lactamases ou les carbapénémases peuvent être détectées. De plus, il peut être appliqué aux sérotypes E. coli à toxines Shiga, aux sérotypes Salmonella ou aux ribotypes C. difficile.