Journal de pathologie végétale et de microbiologie

Abstrait

L'empreinte génomique par Rep-PCR a révélé la diversité génétique et la structure de la population parmi les isolats éthiopiens de Pseudocercospora griseola, agent pathogène du haricot commun ( Phaseolus vulgaris L.)

Yayis Rezene, Kassahun Tesfaye, Mukankusi Clare, Allan Male et Paul Gepts

La tache angulaire des feuilles ( Pseudocercospora griseola ) est l'une des maladies les plus dévastatrices affectant la production de haricots communs dans la plupart des régions d'Éthiopie. Ainsi, l'utilisation de variétés de haricots communs avec une résistance durable est la mesure de contrôle la plus efficace et la plus économique. La connaissance de la variabilité génétique et de la structure de la population des populations pathogènes est importante pour un programme d'amélioration du haricot commun réussi. L'objectif de cette étude était de déterminer la diversité génomique existant parmi et entre les isolats de P. griseola qui ont été obtenus à partir de la collection d'enquête sur le terrain de diverses zones de culture de haricots communs en Éthiopie. L'étude a utilisé le protocole de réaction en chaîne par polymérase d'éléments palindromiques extragéniques répétitifs pour l'empreinte génétique de la diversité des séquences d'ADN. Pour étudier la diversité génétique, nous avons analysé les données moléculaires de 79 isolats de spore unique du pathogène P. griseola . Par conséquent, l'analyse moléculaire de la variance (AMOVA) et l'analyse de cluster ont révélé l'existence d'une grande diversité génétique au sein et entre les isolats de P. griseola . La PCR ERIC a produit 21 modèles différents de groupes, tandis que la PCR REP et la PCR BOX ont produit respectivement 11 et 5 modèles différents de groupes. Cela est dû au fait que certains isolats partageant les mêmes modèles BOX pouvaient être distingués par les modèles d'empreintes digitales ERIC et REP. Les modèles d'empreintes digitales combinés ERIC, BOX et REP-PCR ont permis de distinguer 25 modèles différents parmi les 79 isolats monosporiques de P. griseola produits avec une matrice de similarité génétique de 77 %. Ces groupes discriminés ont révélé l'existence d'une diversité génétique au sein et entre les isolats de P. griseola collectés dans les diverses régions productrices de haricots communs d'Éthiopie.