Journal de bactériologie et parasitologie

Abstrait

Identification des espèces de bactéries et de champignons à partir de milieux de culture solides et liquides par spectrométrie de masse MALDI-TOF

Marco Reich, Philipp P. Bosshard, Maik Stark, Kurt Beyser et Stefan Borgmann

Au cours des dernières années, la spectrométrie de masse MALDI-TOF est devenue un outil puissant pour l'identification des espèces de bactéries et de champignons cultivés. Dans la présente étude, la mise en œuvre de la spectrométrie de masse MALDI-TOF dans un laboratoire commercial à haut débit est décrite. L'impact de différentes conditions de croissance sur les résultats d'identification a été évalué. Bien que de légères différences dans les spectres MALDI-TOF des souches d'E. coli et de S. aureus cultivées sur gélose au sang pendant différentes périodes (5, 18, 24 et 48 heures) aient été constatées, une identification fiable des espèces a été obtenue pour toutes les périodes. Il en était de même lorsque les souches d'E. coli et de S. aureus étaient cultivées pendant 18 heures sur divers milieux solides. Une identification fiable a également été obtenue lorsque les champignons étaient cultivés sur des milieux solides et liquides (bouillon Sabouraud). De plus,
la croissance des champignons dans le bouillon a entraîné une identification accélérée. La spectrométrie de masse MALDI-TOF a également permis une identification fiable des micro-organismes à partir d'échantillons d'hémoculture positifs. Au total, 2 900 échantillons (234 espèces différentes) provenant principalement d'échantillons cliniques ont été examinés. Les micro-organismes ont été cultivés sur des milieux solides, dans des flacons d'hémoculture et dans du bouillon Sabouraud liquide. 98,6 % (n = 2 860) des résultats d'identification MALDI-TOF correspondaient à ceux des méthodes conventionnelles (par exemple, coloration de Gram, capacité de dégradation des glucides, système Phoenix) et du séquençage du produit PCR 16S rADN. Les incompatibilités étaient principalement basées sur des spectres de référence manquants dans la base de données du système d'analyse. L'étude a été réalisée en 2009. Grâce à l'amélioration continue de la base de données, une précision encore plus élevée serait obtenue lors de la réalisation de l'étude de nos jours. En résumé, l'utilisation de la spectrométrie de masse MALDI-TOF dans un environnement clinique à haut débit conduit à des résultats fiables, même lorsque diverses conditions de culture sont utilisées, par exemple des bouillons pour la culture de champignons. La spectrométrie de masse MALDI-TOF est un système d'identification rapide et robuste, qui est en passe de devenir une nouvelle norme pour l'identification des micro-organismes dans les laboratoires à haut débit.