Biology and Medicine

Abstrait

L'impact des valeurs des paramètres de séquence sur la précision phylogénétique

Bhakti Dwivedi,*Sudhindra R. Gadagkar

Une phylogénie déduite avec précision est importante pour l'étude de l'évolution. Les facteurs affectant la précision d'un arbre déduit peuvent être attribués à plusieurs étapes séquentielles menant à l'inférence de la phylogénie. Nous avons examiné ici l'impact de certaines caractéristiques des séquences nucléotidiques dans les alignements sur la précision phylogénétique (topologique) plutôt que toute source d'erreur au cours du processus d'alignement des séquences ou du choix de la méthode d'inférence (comme cela se fait habituellement). Plus précisément, nous avons étudié (en utilisant une simulation informatique) les implications de la modification des valeurs des cinq paramètres suivants, individuellement et en combinaison : longueur de séquence (l), taux de substitution nucléotidique (r), composition en bases nucléotidiques (?), rapport taux de transition-transversion (?) et hétérogénéité du taux de substitution entre les sites (?). Un résultat intéressant et inattendu a été que ? a une forte relation positive avec la précision phylogénétique, en particulier à des taux de substitution élevés. Ce travail basé sur la simulation a des implications pour les chercheurs empiriques dans le domaine et devrait leur permettre de choisir parmi les multiples gènes généralement disponibles aujourd’hui pour une inférence plus précise de la phylogénie étudiée.