Journal of Pharmacogenomics & Pharmacoproteomics

Abstrait

La prévalence de variantes rares potentiellement importantes pour la réponse aux médicaments utilisés pour le traitement des maladies cardiovasculaires dans la population lituanienne

Pranculis A, RanÄ elis T, AmbrozaitytÄ— L, UktverytÄ— I, DomarkienÄ— I, BurokienÄ— N, KuÄ inskienÄ— ZA et KuÄ inskas V

Les maladies cardiovasculaires (MCV) sont l'une des principales causes de décès en Europe et dans le monde. Les principaux facteurs considérés comme pertinents pour l'efficacité ou les effets indésirables des médicaments (EIM) causés par les médicaments utilisés pour le traitement des MCV ont été identifiés grâce à des études GWAS utilisant principalement des matrices de génotypage de variantes communes à faible densité. Dans cette étude, un séquençage de l'exome entier (WES) a été réalisé pour identifier les variantes génomiques pertinentes pour le traitement des MCV. Le groupe d'étude comprenait 98 individus (49 hommes et 49 femmes) en bonne santé autodéclarés non apparentés de la population lituanienne avec au moins trois générations d'origine ethnique lituanienne et résidant dans la même région ethnolinguistique. Après avoir effectué le WES, les loci génétiques de 55 gènes qui ont été signalés comme pertinents pour l'efficacité ou les EIM causés par les médicaments utilisés pour le traitement des MCV ont été analysés à l'aide des logiciels LifeScopeTM et ANNOVAR. L'analyse des petits indels dans les régions sélectionnées a révélé 13 indels exoniques à décalage de cadre de lecture et une seule variante de site d'épissage intronique qui peuvent affecter l'efficacité ou provoquer des effets indésirables chez les patients traités pour une maladie cardiovasculaire. Plus de 400 SNV potentiellement pertinents à différentes fréquences ont été détectés dans les gènes considérés comme importants pour le traitement des maladies cardiovasculaires. L'analyse de la force des preuves a identifié 14 SNV les plus susceptibles d'être pertinents pour le traitement des maladies cardiovasculaires. La distribution de fréquence de plusieurs allèles variants qui se sont avérés très importants pour le traitement des maladies cardiovasculaires dans les gènes CYP2D6 (rs16947) et ADRB1 (rs1801253) ainsi que plusieurs variantes dans les gènes CYP2C9 et NAT2 se sont avérées significativement (p<0,05) différentes de celles des autres populations caucasiennes, ce qui montre le bénéfice potentiel des tests pharmacogénomiques avant le traitement dans la population lituanienne. La recherche a été menée dans le cadre du projet LITGEN. Le projet LITGEN (VP1-3.1-ŠMM-07-K-01-013) a été financé par le Fonds social européen dans le cadre de la mesure de subvention globale.