Journal de pathologie végétale et de microbiologie

Abstrait

Utilisation du gène du facteur d'élongation de la traduction pour détecter et diagnostiquer spécifiquement Fusarium xylaroides , un agent causal de la maladie du flétrissement du café en Éthiopie, en Afrique de l'Est et en Afrique centrale.

Olal S, Olango N, Kiggundu A, Ochwo S, Adriko J, Nanteza A, Matovu E, Lubega GW, Kagezi G, Hakiza GJ, Wagoire WW, Rutherford MA et Opiyo SO

Français La présente étude présente le premier rapport sur l'application de la réaction en chaîne par polymérase (PCR) basée sur l'ADN pour la détection et le diagnostic spécifiques de F usarium xylarioides (anamorphe : G ibberrela xylarioides). Fusarium xylarioides est l'agent causal de la maladie du flétrissement du caféier (trachéomycose), et la maladie est la contrainte économique la plus importante dans la production de café Robusta en Ouganda. Le pathogène a deux races, l'une pathogène pour le café Robusta et l'autre pour le café Arabica, et non l'inverse. Son diagnostic en laboratoire est principalement basé sur la microscopie, qui est lente, a un faible pouvoir discriminant, nécessite une grande expertise, n'est applicable que sur les plantes hôtes présentant des symptômes et n'a depuis pas réussi à détecter le pathogène dans le sol. Le gène du facteur d'élongation de la traduction-1α (TEF-1α) d'un F. xylarioides isolé d'un caféier Robusta infecté a été amplifié par une amorce spécifique du genre Fusarium puis le produit de PCR a été séquencé. Les données de séquence ont ensuite été utilisées pour concevoir l'amorce spécifique. Le produit primer-BLAST s'est avéré correspondre uniquement aux séquences de F. xylarioides comprenant 75 % de la race pathogène du café Robusta et 25 % du café Arabica. Le test in vitro par PCR a montré que l'amorce était spécifique uniquement à F. xylarioides en amplifiant un produit de 284 pb et était capable de différencier F. xylarioides de toutes les espèces étroitement apparentées de Fusarium et d'autres agents pathogènes des plantes testés. De plus, il était capable d'amplifier l'ADN de tous les isolats de F. xylarioides provenant de différentes régions d'Ouganda et d'amplifier des concentrations d'ADN aussi infimes que 0,78 ng/µL.