Journal of Pharmacogenomics & Pharmacoproteomics

Abstrait

Vérification des méthodes d'isolement de l'ADN pour l'analyse NGS-HERC

Vanja Raščanec

Contexte-objectif : Le séquençage de nouvelle génération (NGS) en oncologie commence par un échantillon de départ de haute qualité pour obtenir des résultats NGS fiables et ensuite une analyse précise des données. Nous présentons ici une brève vérification des données du fabricant de trois méthodes différentes d'isolement d'ADN à partir du même échantillon dans lesquelles le rendement d'ADN est corrélé au nombre de lymphocytes. Méthodes : Des échantillons de sang total ont été prélevés dans des tubes EDTA auprès de patients adressés pour un test NGS de panel de cancer héréditaire (HERC) sur la plateforme Illumina MiSeq. Nous avons fourni des chiffres sur 30 patients. Le nombre de lymphocytes a été déterminé sur l'analyseur Sysmex XN-1000. L'ADN a été isolé à partir de 200 µL de sang total ou de couche leucocytaire à l'aide du kit Qiagen QiaAmp DNA Blood Mini Kit pour l'isolement de l'ADN et également à partir de sang total sur QIAcube. La concentration a été mesurée sur le spectrophotomètre NanoDrop™ Lite et le Qubit4. Résultats : Selon les résultats obtenus, nous avons établi le protocole d'utilisation d'une méthode optimale d'isolement de l'ADN pour l'analyse NGS chez les patients atteints de cancer. Français Nous avons comparé la concentration d'ADN de trois échantillons de départ et méthodes différents. Si le nombre de lymphocytes est inférieur à 1,0 x 109/L, l'échantillon optimal est la couche leucocytaire et la méthode QiaAmp. Si le nombre de lymphocytes est compris entre 1,0 et 2,5 x 109/L, l'échantillon optimal est le sang total et la méthode QiaAmp. Dans les cas où le nombre de lymphocytes est supérieur à 2,5 x 109/L, l'isolement au QIAcube peut être effectué pour obtenir un ADN de haute qualité et une concentration minimale d'ADN de 30 ng/µl suffisante pour l'analyse NGS qui suit. Conclusion : Compte tenu du nombre potentiellement faible de lymphocytes chez les patients atteints de cancer, nous avons développé un protocole optimal pour l'isolement de l'ADN en utilisant différents échantillons de départ et méthodes afin de garantir un échantillon d'ADN valide pour l'analyse NGS.