Journal de pathologie végétale et de microbiologie

Abstrait

Détection visuelle du virus Curly Top par amplification isotherme à médiation par boucle colorimétrique

Mohammad Amin Almasi, Mehdi Aghapour-ojaghkandi et Saeedeh Aghaei

Curly Top Virus (CTV) dans la betterave sucrière, appartenant à la famille Geminiviridae, génie Curtovirus est un problème considérable dans les zones semi-arides de l'Iran et d'autres régions semi-arides du monde. Il existe plusieurs méthodes de diagnostic pour détecter le CTV, mais ces techniques prennent beaucoup de temps, de 3 heures à deux jours, nécessitant des outils sophistiqués. Le but de cette étude, pour la première fois, était de réduire le temps nécessaire à la détection du CTV dans la betterave sucrière, en utilisant la technique d'amplification isotherme à médiation par boucle colorimétrique (LAMP) ne nécessitant qu'un bain-marie ordinaire ou un thermobloc. L'ADN a été extrait des tissus foliaires naturellement infectés. Les échantillons ont été testés pour la présence d'espèces de Curtovirus par des réactions de PCR et de LAMP pour amplifier le gène de la protéine associée à la réplication (rep) à l'aide d'amorces d'espèces. LAMP a été optimisé pour amplifier l'ADN du CTV dans des conditions isothermes par incubation à 63°C pendant 30 min. Les produits LAMP ont été détectés visuellement à l'aide des différents colorants. Les produits d'amplification LAMP avaient une apparence en forme d'échelle lorsqu'ils étaient électrophorisés sur un gel d'agarose et les résultats positifs obtenus avec les différents colorants étaient également un changement de couleur. Les résultats ont confirmé que LAMP avec différents colorants fournit un test rapide et sûr pour la détection du CTV dans la betterave sucrière. Étant donné qu'avec d'autres méthodes moléculaires, il est inévitable d'équiper les laboratoires d'un thermocycleur ou de systèmes de détection coûteux, ce test s'est avéré être une méthode moléculaire simple et rentable qui a le potentiel de remplacer d'autres diagnostics dans les laboratoires primaires sans avoir besoin d'équipements coûteux ou de techniques spécialisées. Il peut également être considéré comme un système de détection virale alternatif fiable dans des recherches ultérieures.