Médecine Tropicale & Chirurgie

Abstrait

Le séquençage du génome entier d'Omicron a permis d'identifier plusieurs épidémies et événements d'introduction en Inde en novembre 2021 et janvier 2022

Shreedhanya D. Marathe, Varun Shamanna, Geetha Nagaraj, Nischita S, Muthumeenakshi Bhaskaran, KL Ravi Kumar

Le variant préoccupant (VOC), Omicron, est le variant prédominant en circulation dans le monde de la pandémie de SRAS-CoV-2 au cours de la troisième vague, y compris en Inde. L'Organisation mondiale de la santé a désigné ce variant hautement muté comme VOC en raison de sa transmissibilité élevée et de son risque de réinfection. Le séquençage et l'analyse du génome entier ont été effectués pour des échantillons positifs à la PCR SARS-CoV-2 entre décembre 2021 et janvier 2022. À partir des 133 variantes d'Omicron détectées, une analyse génomique a été réalisée en les contextualisant avec 1586 génomes complets d'Omicron d'Inde obtenus auprès de GISAID. La prévalence du variant d'Omicron en Inde a augmenté de manière logarithmique en 3 mois dans la plupart des villes métropolitaines. Les données de séquençage limitées disponibles ont permis d'identifier que la sous-lignée BA.1 était prédominante en Inde de novembre 2021 à janvier 2022. De plus, la première séquence de la sous-lignée BA.2 n'a été soumise par Delhi qu'à la mi-décembre 2021. Les deux épidémies enregistrées étaient dues à la variante BA.2 et se sont propagées dans plusieurs villes en peu de temps. La propagation rapide et les mutations spécifiques dans les échantillons d'épidémie d'Omicron indiquent que la variante est hautement transmissible par rapport aux variantes précédentes. L'étude montre l'importance de la séquence génomique pour identifier l'émergence de groupes et prendre des mesures pour empêcher de nouveaux événements de propagation.