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Abstrait
Étude de cas sur la découverte du nouveau virus cytoplasmique de type 2 de la léprose des agrumes à l'aide de petites bibliothèques d'ARN par séquençage de nouvelle génération et analyses bioinformatiques
Avijit Roy, Jonathan Shao, John S Hartung, William Schneider et RH Brlansky
L'avènement d'une technologie de séquençage innovante appelée séquençage de « nouvelle génération » (NGS) offre une nouvelle approche pour identifier les agents pathogènes viraux « inconnus connus » et « inconnus inconnus » sans connaissance a priori. Les génomes des virus végétaux peuvent être rapidement déterminés même lorsqu'ils se produisent à des titres extrêmement faibles chez l'hôte infecté. La méthode est basée sur le séquençage massivement parallèle de la population de petites molécules d'ARN de 18 à 35 nucléotides de longueur produites par la défense de l'hôte par silençage de l'ARN. Les améliorations des chimies, des outils bioinformatiques et les progrès de l'ingénierie ont réduit les coûts du NGS, augmenté son accessibilité et permis son application dans le domaine de la virologie végétale. Dans cette revue, nous discutons de l'utilisation de la plateforme Illumina GA IIX combinée à l'application de la biologie moléculaire et des outils bioinformatiques pour la découverte d'un nouveau virus cytoplasmique de la lèpre des agrumes (CiLV). Ce nouveau virus a produit des symptômes typiques du CiLV mais n'a pas été détecté par des tests sérologiques ou PCR pour le virus décrit précédemment. Le nouveau génome viral était également présent en faible quantité dans l'orange douce (Citrus sinensis), une importante culture horticole dont les ressources génomiques sont incomplètes. Il s'agit d'une situation courante dans la recherche horticole et fournit un exemple de l'utilité plus large de cette approche. Outre la découverte de nouveaux virus, les données de séquence peuvent être utiles pour les études de l'évolution et de l'écologie virales et des interactions entre les transcriptomes viraux et hôtes.