Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics suit un système d'examen par les pairs en double aveugle. Les examinateurs ne connaissent pas l'identité des auteurs, et les auteurs ne connaissent pas non plus l'identité des examinateurs. La revue accueille tous les types de communications de recherche sous la forme d'articles de recherche originaux, de revues et de communications courtes.