Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Comparaison des protéines et des composés phénoliques dans les graines de soja OGM et non OGM

Savithiry S Natarajan*, Farooq H Khan, Davan et L Luthria, Mark L Tucker, QijianSong, Wesley M Garrett

La protéine de soja est un élément précieux et important dans l'alimentation humaine et animale. Environ 94 % du soja planté aux États-Unis est génétiquement modifié (GM) pour améliorer la qualité et la productivité. Étant donné que des caractéristiques à valeur ajoutée sont continuellement développées par modification génétique, il est important de déterminer si des changements involontaires se produisent dans les semences de soja GM. Dans cette étude, nous avons sélectionné trois lignées transgéniques différentes, appelées événements 1, 2 et 3 avec un seul insert d'ADN-T d'Agrobacterium tumefaciens qui comprenait des gènes pour un gène sélectionnable de résistance aux herbicides (bar) et un gène rapporteur de β-glucuronidase (GUS) exprimé à l'aide d'un promoteur double 35S du virus de la mosaïque du chou-fleur (CaMV) et d'un promoteur de polygalacturonase de soja (Glyma12g01480), respectivement. Les lignées transgéniques et non transgéniques Les isolines progénitrices (témoin) ont été utilisées pour l'analyse protéomique et l'analyse des composés phénoliques. Protéines des graines ont été séparés par électrophorèse bidimensionnelle sur gel de polyacrylamide (2D-PAGE). Sur environ 1300 spots protéiques détectés par extrait protéique, 30 spots ont été sélectionnés pour une analyse plus approfondie sur la base des différences déterminées par logiciel (ANOVA) dans leur abondance relative dans les gels protéiques pour le contrôle et les trois événements. Une analyse statistique ultérieure après correction de Bonferroni a indiqué que l'abondance de seulement deux des trente spots protéiques était significativement différente au niveau de probabilité de 1 %. Deux spots protéiques, une isoflavone réductase et une protéine de type quinine oxydoréductase, dans l'événement 2 étaient significativement différents du contrôle et des deux autres événements transgéniques. Les trente spots protéiques ont été analysés et identifiés par spectrométrie de masse (MS) suivie d'une recherche dans les bases de données du NCBI à l'aide de Mascot moteur de recherche. En plus des protéines, deux classes de composés phénoliques, les isoflavonoïdes et les acides phénoliques, ont été analysés par LC-MS. Les résultats n'ont indiqué aucune différence systématique dans la quantité ou le profil de l'une ou l'autre classe de composés phénoliques dans le témoin ou dans les trois événements transgéniques.