Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Une analyse des palindromes et des fréquences de faisceaux n-naires trouvés dans une séquence génomique

Dan Ophir

La motivation pour étudier les faisceaux n-naires et palindromes est née suite à la découverte par Chargaff et ses collègues de la surreprésentation de certains faisceaux binaires d'ADN dans les génomes. Ils ont étudié les fréquences de divers faisceaux ternaires à divers endroits dans les gènes de diverses espèces. La recherche actuelle examine plus en détail les faisceaux ternaires et les palindromes seront désormais appelés faisceaux désignés. Un faisceau désigné a-t-il des fréquences extraordinaires de longueur et d'emplacement ? Une analyse mathématique théorique a été réalisée pour analyser le nombre de faisceaux désignés en fonction des fréquences de ses éléments individuels. Les faisceaux désignés sont classés en fonction de ceux qui ont des éléments mixtes provenant d'un sous-ensemble d'un ensemble composant la séquence, et selon lesquels se composent d'un long faisceau d'ordre n-naire inférieur. Par exemple, l'analyse des faisceaux examine si les phénomènes spéciaux sont dus au faisceau ternaire ou à un long faisceau binaire qui y est inclus. L'ordre maximal des faisceaux n-naires d'intérêt dans le génome est de trois (ternaire) ; quatre est le gène entier lui-même. Cependant, l'ordre supérieur des faisceaux n-naires présente un intérêt dans d'autres domaines comme la « théorie de la fiabilité ». Par conséquent, la formulation générale et le traitement des faisceaux désignés sont présentés ici et sont démontrés pour les aspects génomiques, qui ont été étudiés en profondeur au cours des deux dernières décennies.