Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

Essai de validation des biomarqueurs dérivés de la kinésine par désorption-ionisation laser à surface améliorée et temps de vol dans le mésothéliome malin

Stephen M. Brindley, Brian C. Tooker, Harvey I. Pass et Lee S. Newman

La spectrométrie de masse SELDI-TOF (Surface-enhanced Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight) permet aux chercheurs de rechercher des protéomes pour les biomarqueurs de la maladie. La validation des résultats SELDI-TOF à l'aide de méthodologies traditionnelles a donné des résultats mitigés. Des tests PCR en temps réel, ELISA et Western blot ont été utilisés pour tenter de confirmer le lien entre les cancers liés à l'amiante et les protéines de la famille des kinésines, KIF5A et KIF18A. Ces protéines ont été identifiées à l'aide de SELDI-TOF et de l'analyse par arbre de classification et de régression (CART) dans le sérum de patients atteints de cancers liés à l'amiante. Lorsque des fibres d'amiante bien caractérisées ont été utilisées pour tester les lignées cellulaires mésothéliales, des résultats mitigés dans l'expression de l'ARN KIF5A et KIF18A ont été observés. L'analyse par transfert Western comparant les niveaux de protéines dans les lignées cellulaires du mésothéliome par rapport aux cellules mésothéliales transformées n'a pas donné de résultats concluants, tout comme les analyses par transfert Western du mésothéliome humain et du péritoine non cancéreux obtenus à partir des mêmes patients. Ces résultats suggèrent que les protéines de la famille des kinésines détectées par SELDI-TOF CART ne sont pas susceptibles d'être utiles comme biomarqueurs du mésothéliome malin.