Journal of Data Mining en génomique et protéomique

Abstrait

BioGyan : un outil pour identifier les fonctions des gènes à partir de la littérature

Shiva Kumar, Vijaykumar Ghadage, Indhupriya Subramanian, Aarti Desai, Vivek K Singh et Abhay Jere

Contexte : L'objectif principal de la recherche en sciences de la vie est de comprendre les mécanismes cellulaires complexes et l'interaction de divers gènes/protéines dans de multiples processus cellulaires. Pour cela, PubMed reste la principale source d'informations biomédicales, même si de nombreuses autres bases de données telles que UniProt, Protein Data Bank (PDB) et Reactome existent.

Objectif : Avec le volume important de données disponibles issues de technologies à haut débit et de multiples bases de données, la recherche d'informations pertinentes sur les gènes, les processus et le phénotype est désormais devenue extrêmement difficile et fastidieuse. Aucun outil n'est actuellement disponible pour rechercher simultanément dans PubMed et dans plusieurs autres bases de données afin d'obtenir des informations globales. De plus, une recherche PubMed classique renvoie un grand nombre d'articles, qui doivent être examinés manuellement pour identifier la littérature pertinente. C'est pourquoi nous avons développé BioGyan, un outil d'exploration de la littérature pour simplifier la recherche combinatoire de gènes, de types de cellules et de processus cellulaires dans PubMed et d'autres bases de données pertinentes.

Méthodes : BioGyan utilise une méthode de notation robuste pour classer les articles en fonction des termes de recherche des utilisateurs. La méthode de notation est basée sur la somme pondérée de la cooccurrence des termes relatifs aux gènes, aux processus et aux interactions dans un résumé.

Résultats : BioGyan récupère les articles PubMed étayant l'association entre les gènes et les processus interrogés, les voies pertinentes issues des bases de données de voies et les structures tridimensionnelles issues de PDB. Pour une visualisation aisée, toutes les informations destinées à l'utilisateur sont disponibles dans une seule fenêtre. BioGyan a montré une précision de 85,46 % dans la prédiction de la pertinence des articles par rapport à une association gène-processus, et a obtenu de meilleurs résultats que PESCADOR.

Conclusion : BioGyan possède plusieurs fonctionnalités clés telles que la recherche par lots de gènes et de processus, la lecture hors ligne d'articles, l'exportation de la liste d'articles sous forme de bibliographie et la flexibilité permettant à l'utilisateur de réviser la pertinence de l'article, ce qui en fait un outil essentiel pour la recherche documentaire. Ainsi, BioGyan est un outil unique qui offre une recherche holistique dans plusieurs bases de données tout en automatisant considérablement l'ensemble du processus.